关于病假两天是否扣工资的问题，结论前置如下：
- 一般情况下，病假两天单位需支付病假工资，不得随意扣发，但具体支付标准需结合劳动合同、公司规章制度及当地最低工资标准等因素综合确定。
- 若员工未按规定流程请假或超出规定医疗期，单位有权根据规章制度处理，但扣发工资需合法合理。
详细分析如下：
一、病假工资支付的法律依据与标准
根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》及相关规定，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按以下标准支付病假工资或疾病救济费：
- 病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不得低于最低工资标准的80%。这是法律设定的最低底线，无论劳动合同或公司规章制度如何约定，均不得违反。
- 具体支付比例可能因连续工龄的不同而有所差异。例如，连续工龄不满2年的员工，病假工资可能按本人工资的60%计发；连续工龄满2年不满4年的，按70%计发；以此类推。但具体比例可能因地区而异，需参考当地的相关规定。
二、劳动合同与规章制度的作用
- 有约定的情况：如果劳动合同、集体合同或公司规章制度中对病假工资有明确约定，并且该约定不低于当地最低工资标准的80%，那么应当按照这些约定来执行。例如，若劳动合同中约定病假期间工资按照正常工资的70%发放（且此比例高于当地最低工资标准的80%），则单位需按此约定支付病假工资。
- 无约定的情况：若劳动合同、集体合同及公司规章制度中均未对病假工资作出明确约定，那么通常会按照当地通行做法或相关政策来确定病假工资的比例。这一比例可能因地区而异，但通常不会低于当地最低工资标准的80%。
三、病假申请与审批流程
- 员工需要请病假时，应向单位人事部提出申请，并按照单位规定提交相关证明材料，如医院出具的病假建议书或诊断证明等。这是单位审核病假申请并支付病假工资的重要依据。
- 若员工未按照单位要求的流程请假，如未提前申请、未及时补交诊断证明等，单位有权按照旷工等相关规定处理，可能会扣发相应工资或采取其他纪律措施。但扣发工资需合法合理，不得违反相关法律法规的强制性规定。
四、实际案例分析
以某员工小李为例，假设当地月最低工资标准是2000元，折算日工资约为91.95元（2000÷21.75），其80%的日工资约为73.56元。小李月工资为4500元，日工资约为206.90元（4500÷21.75）。
- 若小李所在单位规定病假工资按正常工资的60%发放（且此比例高于当地最低工资标准的80%），则小李请两天病假期间，每天工资为206.90×60% = 124.14元，两天共发放248.28元。
- 若单位没有相关规定，按照当地通行做法按正常工资80%发放，则小李这两天病假每天工资为206.90×80% = 165.52元，两天共发放331.04元。
五、注意事项与争议解决
- 单位的病假工资支付规定及请假流程应经过民主程序制定且已向员工公示告知才有效。否则，即使员工未按规定流程请假，单位也不能随意扣发工资。
- 不同地区可能根据当地实际情况对病假工资的计算和支付有具体规定。因此，员工在请病假前应了解当地的相关政策和单位规定。
- 若员工对病假工资扣除有异议，应先与单位沟通协商。协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与建议：
病假两天是否扣工资以及扣多少，需要根据具体的劳动合同、公司规章制度以及当地的相关法规和政策来判断。建议你在请病假前仔细阅读劳动合同和公司规章制度，了解其中的具体约定；同时，也可以咨询当地的劳动部门或向我咨询，以获取更准确的答案和专业的指导。