结论：在承诺书上传后发现少了两个章号，又在纸质件上补加，这一行为是否违法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
从承诺书效力的角度：
- 如果承诺书在上传前已经具备了所有必要的法律要素，包括完整的盖章，那么上传后发现少了章号（假设这里的“章号”指的是印章的编号或特定标识，而实际上印章本身已经加盖），且这一缺失并不影响承诺书的真实性和合法性，那么在纸质件上补加章号（如果是指补充印章的编号信息或进行某种形式的确认）通常不会构成违法。但这种情况较为特殊，因为一般而言，章号作为印章的一部分，如果缺失可能意味着印章使用不规范，但不一定直接导致承诺书无效。
- 如果承诺书在上传时确实缺少了必要的盖章，而盖章是承诺书生效的必要条件，那么仅仅在纸质件上补加章号而不重新加盖完整的印章，可能无法使承诺书产生法律效力。不过，这并不直接等同于“违法”，而是可能涉及承诺书无效或未生效的问题。
从法律程序的角度：
- 如果承诺书是作为某种法律程序或合同的一部分，且该程序或合同对承诺书的格式、内容或盖章有明确要求，那么未经合法程序擅自修改承诺书（包括补加章号）可能构成对法律程序或合同规定的违反。这种情况下，是否违法取决于具体程序或合同的规定以及修改行为的性质和后果。
- 如果补加章号的行为涉及伪造、变造公文、证件、证明文件等违法行为，那么显然是违法的。但根据您的描述，这种情况似乎并不符合，因为您是在发现缺失后进行的补加，而非故意伪造或变造。
从实际操作的角度：
- 在实际操作中，如果承诺书已经上传且被接收方接受，而后续发现章号缺失，最稳妥的做法是与接收方沟通，说明情况并协商解决方案。这可能包括重新提供加盖完整印章的承诺书、补充相关证明文件或进行其他形式的确认。
- 擅自修改已上传的承诺书（包括补加章号）可能引发不必要的法律风险和纠纷，因此应谨慎对待。
建议：
- 首先确认承诺书在上传时的具体状态，包括是否已经加盖了完整的印章以及章号的缺失是否影响了承诺书的真实性和合法性。
- 如果章号的缺失确实是一个问题，且承诺书尚未产生法律效力或需要重新确认，建议与接收方沟通并协商解决方案，而不是擅自修改。
- 在任何情况下，都应遵守相关法律法规和程序规定，确保承诺书的合法性和有效性。
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