结论：老板自己建造的公司大楼，若由其注册的两家公司共同使用或涉及相关活动，从法律风险防控和明确责任划分的角度出发，建议签订安全协议。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律风险防控角度
明确责任划分：
- 安全协议可以明确两家公司在使用大楼过程中各自的安全责任，包括但不限于日常维护、安全管理、事故处理等方面的责任。这有助于在发生安全事故时，迅速确定责任方，避免责任推诿和纠纷。
预防法律纠纷：
- 通过签订安全协议，可以预先设定双方的权利和义务，减少因安全责任不明确而引发的法律纠纷。在协议中，可以约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等，以便在发生争议时能够迅速有效地解决。
符合法律法规要求：
- 根据相关法律法规，如《中华人民共和国安全生产法》等，企业有义务确保生产经营活动的安全。签订安全协议是履行这一义务的一种方式，有助于企业合规经营，避免法律风险。
二、公司管理角度
提升管理效率：
- 安全协议可以明确两家公司在大楼使用过程中的管理流程和规范，如安全检查、隐患排查、应急处理等。这有助于提升整体管理效率，确保大楼的安全运行。
增强员工安全意识：
- 通过签订安全协议，并明确各自的安全责任，可以促使两家公司加强员工的安全教育和培训，提高员工的安全意识。这有助于减少安全事故的发生，保障员工的人身安全。
三、实际操作建议
协议内容应全面：
- 安全协议应涵盖大楼使用的各个方面，包括但不限于建筑结构安全、消防安全、电气安全、设备安全等。同时，应明确双方的安全管理职责、安全检查周期、事故处理流程等。
协议应具有可操作性：
- 安全协议中的条款应具体、明确，具有可操作性。避免使用模糊、笼统的语言，以免在执行过程中产生歧义和争议。
定期评估与更新：
- 随着大楼使用情况的变化和法律法规的更新，安全协议应定期进行评估和更新。确保协议始终符合实际情况和法律法规要求，有效发挥其风险防控作用。
建议行动：老板应组织两家公司的相关负责人，共同协商并签订安全协议。在签订协议前，可以咨询专业律师或安全顾问的意见，确保协议内容的合法性和有效性。若在签订或执行过程中遇到任何法律问题，可直接向我咨询。