核心结论：合同约定不明导致后期产生税款时，可通过协商补充约定、依据法律规定或交易习惯处理，必要时可通过诉讼或仲裁解决争议。以下为具体分析：

1. 协商补充约定
   根据《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款等约定不明的，可协议补充。因此，双方可就税款承担主体、计算方式、支付时间等重新协商，签订补充协议明确权利义务。这是最直接、高效的解决方式，能避免后续争议。

2. 依据法律规定或交易习惯确定
   若协商未果，可依据《民法典》第五百一十一条处理：

   • 税款性质：若税款属于合同履行中的法定义务（如增值税），通常由法定纳税主体承担（如销售方承担增值税）；
     
   • 交易习惯：若行业或地区存在普遍做法（如买卖合同中买方承担契税），可参照习惯确定；
     
   • 公平原则：若税款与双方行为均相关（如合作开发项目），可能按贡献比例分担。

3. 诉讼或仲裁解决争议
   若仍无法达成一致，可向法院起诉或申请仲裁（需合同有仲裁条款）。法院会综合合同目的、履行情况、行业惯例等，判决税款承担方。例如，若合同未明确约定且无法推断意图，法院可能根据“谁受益谁承担”原则，判决实际获益方负担税款。

建议：

• 立即固定证据（如合同文本、沟通记录、税款凭证等）；
  
• 优先通过书面函件与对方协商，明确诉求及法律依据；
  
• 若争议复杂，可委托律师起草补充协议或参与谈判，降低风险。
  

如有进一步细节（如合同类型、税款种类等），可向我补充说明，以便更精准分析。