单位领导指使工作人员虚开发票，即便在纪委调查后积极协调配合退款，仍存在被立案的可能性，但积极配合退款等情节可能会对最终处理结果产生影响。具体分析如下：

1. 虚开发票行为的违法性：

   • 虚开发票是违反《中华人民共和国发票管理办法》以及《中华人民共和国刑法》中关于虚开发票罪相关规定的行为。无论是否退款，虚开发票这一行为本身已经构成违法，甚至可能构成犯罪。

2. 立案的可能性：

   • 纪委在调查过程中，如果发现存在虚开发票的违法行为，且该行为涉嫌犯罪（如虚开发票罪），那么纪委有权将案件移送至司法机关（如检察院）进行立案侦查。
   • 立案与否主要取决于虚开发票行为的性质、情节以及是否构成犯罪。积极协调配合退款虽然是一个从轻处理的情节，但并不能完全消除立案的可能性。

3. 积极配合退款的影响：

   • 积极协调配合退款表明涉案人员有一定的悔过表现，愿意弥补损失，这可能会在后续的司法处理中被视为一个从轻或减轻处罚的情节。
   • 然而，从轻或减轻处罚并不意味着不会被立案或不会被追究刑事责任。最终的处理结果还需要根据案件的具体情况、涉案金额、情节严重程度等因素来综合判断。

4. 其他可能的影响因素：

   • 除了积极配合退款外，涉案人员的认罪态度、是否有前科、是否主动投案自首等因素也可能对最终的处理结果产生影响。
   • 如果涉案人员能够主动交代问题、积极配合调查，并主动退还违法所得，那么这些情节都可能在后续的司法处理中被予以考虑。