结论：公司用员工身份证办理电话卡被标记诈骗，员工需及时采取措施以维护自身权益，包括与公司沟通、向相关部门投诉、报警以及考虑法律途径解决。
详细分析：
与公司沟通：
- 首先，员工应尽快与公司进行沟通，了解公司为何使用其身份证办理电话卡，以及电话卡被标记诈骗的具体情况。
- 要求公司立即停止使用其身份证办理的电话卡，并协助解决被标记诈骗的问题，如提供必要的证明材料以消除不良记录。
向相关部门投诉：
- 如果公司不配合或无法解决问题，员工可以向当地通信管理部门（如工信部或地方通信管理局）投诉，说明公司未经允许使用其身份证办理电话卡并被标记诈骗的情况。
- 通信管理部门有权对公司进行调查，并要求其纠正不当行为。
报警处理：
- 如果员工认为公司行为涉嫌违法（如盗用身份证信息、诈骗等），可以向当地公安机关报案。
- 公安机关将依法进行调查，并根据调查结果采取相应的法律措施。
法律途径解决：
- 如果员工因公司行为遭受了经济损失或名誉损害，可以考虑通过法律途径解决。
- 员工可以咨询专业律师（如我，程翠红律师，专注于劳动纠纷领域），了解具体的法律程序和可能的赔偿方案。
- 在律师的指导下，员工可以准备相关证据材料，向法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
可能涉及的法律后果：
- 公司责任：如果公司未经员工允许使用其身份证办理电话卡，并因此导致员工遭受损失，公司可能需要承担民事赔偿责任，甚至可能面临行政处罚或刑事责任（如盗用身份证信息罪）。
- 员工责任：如果员工明知公司使用其身份证办理电话卡用于非法目的而未予阻止或报告，员工也可能需要承担一定的法律责任。但在此情况下，员工通常是受害者，因此主要责任应由公司承担。
建议与提醒：
- 员工应妥善保管自己的身份证等重要证件，避免被他人盗用。
- 在发现公司未经允许使用其身份证办理电话卡时，应立即采取措施以维护自身权益。
- 如有需要，员工可以随时向我咨询劳动纠纷领域的法律问题，我将提供专业的法律意见和帮助。