关于公司建厂由二房东出资转入一房东账户是否合法的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”的判断，而是需要依据具体的法律关系和事实情况来综合分析。以下是我从不同角度为你提供的详细分析：
一、法律关系分析
合同关系：
- 如果公司（或实际出资方，这里假设为“承租方”以二房东身份出现）与一房东之间存在租赁合同或其他相关合同，且合同中明确约定了资金流转的方式（包括由二房东出资转入一房东账户），那么这种资金流转方式在合同框架内是合法的。
- 如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么这种资金流转方式可能涉及合同解释、履行方式变更等问题，需要进一步分析合同的具体内容、双方的真实意图以及交易习惯等因素。
资金性质：
- 如果转入的资金是用于支付租金、押金或其他与租赁合同直接相关的费用，且这种支付方式在合同中有明确约定或得到一房东的同意，那么这种资金流转是合法的。
- 如果转入的资金并非用于支付与租赁合同直接相关的费用，或者一房东并未同意这种支付方式，那么这种资金流转可能涉及不当得利、无权处分等法律问题。
二、潜在法律风险
资金安全风险：
- 将资金转入一房东账户可能增加资金被挪用、侵占的风险，特别是如果一房东与二房东之间存在纠纷或信任危机时。
- 因此，建议在进行此类资金流转时，务必确保有明确的合同约定和书面证据，以保障资金安全。
税务合规风险：
- 资金流转可能涉及税务问题，如是否需要开具发票、是否涉及税收缴纳等。
- 如果资金流转方式不符合税务法规的规定，可能面临税务处罚的风险。
法律纠纷风险：
- 如果资金流转方式引发争议或纠纷，可能需要通过法律途径解决。
- 在这种情况下，合同约定、书面证据以及资金流转的合法性将成为关键因素。
三、建议与措施
完善合同约定：
- 在签订租赁合同或其他相关合同时，应明确约定资金流转的方式、金额、时间等关键条款。
- 确保合同条款清晰、明确，避免产生歧义或争议。
保留书面证据：
- 在进行资金流转时，应保留相关的书面证据，如转账记录、收据、合同等。
- 这些证据将在未来可能发生的纠纷中起到关键作用。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但为保持回答完整性而保留，实际回答中可侧重于“向我咨询”）：
- 在进行复杂的资金流转或涉及法律风险的操作时，建议咨询专业律师的意见。
- 作为专业律师，我可以为你提供详细的法律分析和建议，帮助你规避法律风险。
确保税务合规：
- 在进行资金流转时，应确保符合税务法规的规定，及时开具发票、缴纳税款等。
- 如有需要，可以咨询税务专业人士的意见。
综上所述，公司建厂由二房东出资转入一房东账户是否合法，取决于具体的法律关系和事实情况。为了确保合法性和规避法律风险，建议在进行此类操作时完善合同约定、保留书面证据、咨询专业律师并确保税务合规。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律分析，请随时向我咨询。