医疗机构使用的医疗器械未索取注册证，主要违反了《医疗器械监督管理条例》的相关规定。具体来说：

1. 法律依据：

   • 根据《医疗器械监督管理条例》第四十五条：“医疗器械经营企业、使用单位应当从具备合法资质的医疗器械注册人、备案人、生产经营企业购进医疗器械。购进医疗器械时，应当查验供货者的资质和医疗器械的合格证明文件，建立进货查验记录制度。从事第二类、第三类医疗器械批发业务以及第三类医疗器械零售业务的经营企业，还应当建立销售记录制度。记录事项包括：（一）医疗器械的名称、型号、规格、数量；（二）医疗器械的生产批号、使用期限或者失效日期、销售日期；（三）医疗器械注册人、备案人和受托生产企业的名称；（四）供货者或者购货者的名称、地址以及联系方式；（五）相关许可证明文件编号等。进货查验记录和销售记录应当真实、准确、完整和可追溯，并按照国务院药品监督管理部门规定的期限予以保存。国家鼓励采用先进技术手段进行记录。”虽然该条款未直接提及“注册证”，但查验“医疗器械的合格证明文件”通常包括注册证，因为注册证是医疗器械合法上市的重要证明文件。
   • 更直接的规定在于，医疗器械的注册证是医疗器械上市销售、使用的法定凭证。医疗机构在购进医疗器械时，必须索取并查验该医疗器械的注册证，以确保其合法性和安全性。若未索取注册证，则视为未履行法定的查验义务。

2. 法律后果：

   • 医疗机构若未索取医疗器械的注册证，可能面临行政处罚。根据《医疗器械监督管理条例》的相关规定，药品监督管理部门有权对违反规定的医疗机构进行警告、罚款、没收违法所得等行政处罚。
   • 在更严重的情形下，如果因使用未索取注册证的医疗器械而导致患者损害，医疗机构还可能承担民事赔偿责任，甚至可能因构成犯罪（如医疗事故罪）而承担刑事责任。

3. 实际操作建议：

   • 医疗机构在购进医疗器械时，应严格履行查验义务，索取并保存医疗器械的注册证、合格证明文件等相关资料。
   • 医疗机构应建立完善的医疗器械管理制度，确保医疗器械的购进、使用、存储等环节均符合法律法规的要求。
   • 若医疗机构发现所购进的医疗器械存在质量问题或未取得合法注册证，应立即停止使用，并及时向药品监督管理部门报告。

总结来说，医疗机构使用的医疗器械未索取注册证，违反了《医疗器械监督管理条例》中关于医疗器械购进查验的规定。这不仅可能使医疗机构面临行政处罚，还可能因使用不合格医疗器械而导致患者损害，进而承担民事甚至刑事责任。因此，医疗机构应严格遵守相关法律法规，确保医疗器械的合法性和安全性。如果您在医疗医患领域有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。