判决生效超过两年，在一般情况下仍然可以申请执行，但需注意申请执行的时效问题及相关特殊情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的申请执行时效
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间为二年。这二年的期间通常从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；如果法律文书规定分期履行的，则从最后一期履行期限届满之日起计算；如果法律文书未规定履行期间的，则从法律文书生效之日起计算。因此，在判决生效超过两年后，如果尚未超过上述规定的申请执行期间，申请人仍然可以向人民法院申请执行。
二、超过申请执行时效的后果
对方提出异议：如果超过申请执行期间，被申请人提出异议的，人民法院会裁定不予执行。这意味着，尽管判决仍然有效，但申请人将失去通过法院强制执行来维护自己权益的机会。
对方不提出异议：如果超过申请执行期间，但被申请人未提出异议的，人民法院在审查后，如果认为申请执行的理由成立，仍然可能会裁定执行。然而，这种情况相对较少，且存在不确定性。
三、特殊情况下的申请执行
时效中断：在申请执行期间内，如果因法定事由（如双方达成和解协议、申请人向被申请人主张权利等）导致时效中断的，从中断时起，申请执行时效期间会重新计算。因此，如果判决生效后两年内发生过时效中断的情形，那么申请人仍然有可能在超过原申请执行期间后申请执行。
时效中止：在申请执行期间内，如果因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，申请执行时效中止。从中止时效的原因消除之日起，申请执行时效期间继续计算。这意味着，如果因特殊原因导致申请人无法在规定期间内申请执行的，其申请执行的权利可能会得到一定程度的保护。
四、建议与注意事项
及时申请执行：为了避免因超过申请执行期间而失去强制执行的机会，建议申请人在判决生效后尽快向人民法院申请执行。
保留证据：在申请执行过程中，申请人需要提供充分的证据来证明自己的权益和被申请人的履行义务。因此，建议申请人在诉讼过程中和判决生效后妥善保管相关证据材料。
咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些基本的法律知识和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，如果您在申请执行过程中遇到任何问题或困惑，建议及时向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律帮助。
综上所述，判决生效超过两年后是否可以申请执行取决于多种因素，包括申请执行期间是否已过、是否存在时效中断或中止的情形等。因此，在决定是否申请执行前，建议您先仔细审查相关法律规定和案件情况，并考虑咨询专业律师的意见。