项目专用章签订的解除劳动合同协议是否有效，需根据具体情况判断，但通常情况下，使用项目专用章签订此类协议可能存在效力风险。以下从不同角度进行分析：

1. 公章的效力与用途：

   • 公章的法定性：根据《中华人民共和国民法典》及相关规定，公司公章是公司对外表示意思的主要工具，具有法定效力。项目专用章通常用于特定项目，其使用范围和权限可能受到公司内部规定的限制。
   • 项目专用章的局限性：项目专用章主要用于项目相关文件，如合同、技术文件等，其效力通常限于项目范围内。若用于签订解除劳动合同协议，可能因超出其使用范围而被视为无效。

2. 合同效力的判断标准：

   • 意思表示真实：合同双方的意思表示必须真实、自愿。若使用项目专用章签订协议时，双方均明知该章的使用范围，且同意以此章签订，则协议可能因双方意思表示真实而有效。但这种情况较为特殊，且需有充分证据证明。
   • 无违反法律、行政法规的强制性规定：若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，如未按照法定程序解除劳动合同，则协议无效。使用项目专用章签订协议本身不直接导致协议无效，但若因此导致协议内容违法，则协议无效。
   • 无欺诈、胁迫等情形：若一方以欺诈、胁迫等手段使对方在违背真实意思的情况下签订协议，则协议无效。使用项目专用章签订协议时，若存在此类情形，协议同样无效。

3. 实际案例与司法实践：

   • 司法实践中的倾向：在司法实践中，法院通常会审查公章的使用是否符合公司内部规定、是否超出其使用范围等因素，以判断协议的效力。若项目专用章的使用明显超出其使用范围，且公司对此不予认可，则协议可能被认定为无效。
   • 举证责任：若一方主张协议无效，需承担举证责任，证明项目专用章的使用超出其使用范围或存在其他导致协议无效的情形。

4. 法律建议：

   • 使用公司公章：为避免效力风险，建议公司在签订解除劳动合同协议时使用公司公章，以确保协议的合法性和有效性。
   • 明确内部规定：公司应明确项目专用章的使用范围和权限，并在内部规定中予以明确。同时，加强对公章的管理和使用监督，防止滥用。
   • 咨询专业律师：若对项目专用章的使用存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和解决方案。

总结来说，项目专用章签订的解除劳动合同协议是否有效，需根据具体情况判断。为避免效力风险，建议公司在签订此类协议时使用公司公章，并明确内部规定、加强公章管理。若遇到相关问题或争议，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供准确的法律意见和解决方案。