国家机关工作人员因公牺牲的确认，一般由该工作人员所在单位或者其上级机关办理。具体来说：
单位内部程序：通常，国家机关工作人员因公牺牲的确认首先会由其所在单位进行初步的调查和核实。这包括收集相关证据、了解事故或事件的具体情况，以及评估是否符合因公牺牲的条件。
上级机关审核：在单位内部完成初步确认后，该事项通常会提交给上级机关进行进一步的审核和确认。上级机关会仔细审查单位提交的报告和证据，确保确认的准确性和公正性。
特定情况下的处理：如果因公牺牲的情况涉及多个单位或部门，或者存在争议和疑问，那么可能需要更高级别的机关或专门的委员会来进行确认。此外，对于一些特别重大或复杂的情况，还可能涉及司法程序的介入。
在确认过程中，应严格遵循相关的法律法规和政策规定，确保确认的合法性和有效性。如果对确认结果有异议，相关人员或单位可以依法提出申诉或复议。
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