支付令发出后双方和解的，可通过向法院申请撤销支付令或由债务人提出书面异议的方式处理，具体如下：

1. 向法院申请撤销支付令
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，支付令生效前，若双方达成和解协议，债权人可主动向发出支付令的法院提出书面申请，要求撤销支付令。此时需提交和解协议作为证据，法院审查后若认为和解协议合法有效，将裁定终结督促程序，支付令自动失效。此方式对双方均无强制约束力，但可避免后续执行程序，降低纠纷解决成本。

2. 债务人提出书面异议
   若债权人未主动申请撤销，债务人可在收到支付令之日起15日内向法院提出书面异议，内容需明确表明双方已达成和解且债务已履行或部分履行。法院收到异议后，将裁定终结督促程序，支付令失效。需注意，异议必须针对债务本身提出（如金额、履行方式等），若仅陈述“已和解”但未说明具体履行情况，可能被法院认定为无效异议。

实务建议：

• 和解协议内容需明确：双方应书面约定债务金额、履行方式、时间及违约责任，避免因条款模糊导致后续争议。
  
• 及时履行或留存证据：若和解后债务人已履行义务，需保留转账记录、收据等证据；若分期履行，建议约定每期履行时间及逾期后果。
  
• 关注支付令效力期限：支付令自发出之日起15日内债务人未提出异议且未履行的，债权人可申请强制执行。因此，和解后需尽快处理支付令撤销或异议程序，防止超期。
  

风险提示：
若和解后未及时处理支付令，且债务人未在15日内提出异议，支付令将生效，债权人可直接申请强制执行。此时即使双方已和解，债务人仍需通过执行异议程序主张权利，流程更为复杂。

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