合作协议的条款是可以手写补充的，但需满足一定条件并注意相关事项。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律有效性角度：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的内容可以由当事人约定，一般包括当事人的姓名或者名称和住所、标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、地点和方式、违约责任、解决争议的方法等条款。法律并未禁止手写补充条款，只要手写补充的内容是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该手写补充条款就是有效的。
   • 举例来说，如果合作协议原本只约定了合作的基本框架，后来双方就某些具体事项（如利润分配方式、合作期限的延长等）达成一致，并手写补充到协议中，只要双方签字或盖章确认，该补充条款就具有法律效力。

2. 形式要求角度：

   • 虽然手写补充条款在法律上是有效的，但为了确保其清晰性和可证明性，建议在手写补充时使用与原协议相同的纸张和笔迹，并尽量保持字迹工整、清晰。
   • 同时，手写补充条款应当由双方当事人签字或盖章确认，以表明双方对该补充条款的认可和接受。如果可能的话，还可以在手写补充条款处加盖骑缝章，以增加其证明力。

3. 注意事项角度：

   • 在手写补充合作协议条款时，双方应当充分沟通、协商一致，确保补充条款的内容明确、具体、无歧义。
   • 补充条款的内容应当与原协议的内容相协调、相一致，避免出现矛盾或冲突的情况。如果补充条款与原协议的内容存在冲突或不一致之处，应当以补充条款为准（除非双方另有约定或法律另有规定）。
   • 为了避免未来可能出现的纠纷或争议，建议在手写补充条款后，将整个合作协议（包括原协议和补充条款）进行复印或扫描保存，并由双方各执一份作为备份。

总结与建议：合作协议的条款可以手写补充，但需确保补充内容合法、有效、清晰，并由双方签字或盖章确认。如果你在手写补充合作协议条款时遇到任何疑问或困惑，或者需要进一步的法律帮助和建议，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况和需求，为你提供专业、全面的法律服务。