结论：格式合同本身并不违法，其合法性取决于是否符合法律法规要求、是否遵循公平原则以及是否包含无效条款。以下是对格式合同合法性的详细分析：
一、格式合同的定义与合法性基础
格式合同，又称标准合同或制式合同，是指由一方预先拟定合同条款，另一方只能表示全部同意或不同意的合同形式。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，格式合同本身是合法的合同订立方式，只要满足合同成立的一般条件，如当事人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定、不违背公序良俗，格式合同即具备有效性。
二、格式合同有效的一般规定
- 合同形式：格式合同可采用书面形式、口头形式或其他形式，其中书面形式包括合同书、信件、电子数据交换等能够有形表现所载内容的形式。
- 公平原则与提示说明义务：提供格式条款的一方应遵循公平原则确定权利义务，并采取合理方式提示对方注意免除或减轻责任等与对方有重大利害关系的条款，按对方要求对该条款予以说明。这是确保格式合同合法性的重要环节，若未履行此义务，相关条款可能不产生法律效力。
三、格式合同无效的情形
尽管格式合同本身合法，但若存在以下情形，则可能被认定为无效：
- 违反法律强制性规定或违背公序良俗：如合同内容涉及非法活动或违背社会道德风尚，则合同无效。
- 不合理免责或加重责任：提供格式条款一方不合理地免除或减轻自身责任、加重对方责任、限制或排除对方主要权利的，该条款无效。
- 特定免责条款无效：如造成对方人身损害或因故意、重大过失造成对方财产损失的免责条款无效。
- 《消费者权益保护法》相关规定：在消费者权益保护领域，经营者不得以格式条款等方式作出排除或限制消费者权利、减轻或免除经营者责任、加重消费者责任等对消费者不公平、不合理的规定，否则其内容无效。
四、实际应用中的判断与注意事项
在实际应用中，判断格式合同是否合法有效需综合考虑以下因素：
- 合同条款的具体内容：仔细审查合同条款，确保其符合法律法规要求，避免包含无效或不合理条款。
- 当事人的地位：考虑双方的信息对称程度、议价能力等，以评估格式条款的合理性与公平性。
- 交易习惯及行业惯例：结合交易习惯及行业惯例，评估格式条款是否符合行业规范和市场惯例。
注意事项：
- 增强透明度：提供格式合同的一方应提高合同条款的透明度，通过显著方式提示对方注意重要条款，并主动进行说明。
- 合理协商：尽管格式合同是预先拟定的，但在实际使用中仍应鼓励双方进行合理协商，以确保合同条款的公平性和合理性。
- 及时咨询：若对格式合同的合法性或有效性存在疑问，建议及时咨询专业律师，以避免潜在的法律风险。
综上所述，格式合同的合法性并非绝对，而是取决于其是否符合法律法规要求、是否遵循公平原则以及是否包含无效条款。在使用格式合同时，双方应谨慎对待，确保合同条款的合法性与合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。