结论前置：合伙协议中约定由劣后级合伙人支付基金管理费，在法律上并无直接禁止性规定，但其合规性需结合具体协议内容、合伙企业类型及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 合伙协议自治原则

合伙企业法尊重合伙人的意思自治，允许合伙人在不违反法律、行政法规强制性规定的前提下，通过合伙协议约定合伙企业的管理、收益分配等事项。因此，若合伙协议明确约定由劣后级合伙人承担基金管理费，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人利益，该约定原则上有效。

2. 劣后级合伙人的法律地位与义务

劣后级合伙人在合伙企业中通常承担更高的风险，其收益分配顺序往往劣后于优先级合伙人。然而，承担基金管理费并非劣后级合伙人的法定义务，而是基于合伙协议约定的合同义务。因此，需重点审查合伙协议中关于管理费承担的具体条款，包括但不限于：

• 费用性质：明确管理费是合伙企业的运营成本，还是特定合伙人的额外负担；
• 承担方式：是固定金额、按比例分摊，还是与劣后级合伙人的收益挂钩；
• 决策程序：该约定是否经过全体合伙人一致同意，或符合合伙协议约定的表决机制。

3. 合规性审查要点

在判断该约定的合规性时，需重点关注以下方面：

• 不违反法律强制性规定：如合伙协议不得约定由劣后级合伙人承担非法费用，或通过管理费安排逃避税收、监管等义务；
• 不损害第三方利益：若管理费约定导致合伙企业财产减少，进而损害债权人利益，可能面临被撤销或认定无效的风险；
• 公平性原则：虽法律不禁止劣后级合伙人承担更多费用，但若约定显失公平（如管理费过高且无合理依据），可能因违反公平原则而被调整或撤销。

4. 实践中的常见安排

在私募基金等合伙制企业中，管理费通常由合伙企业承担，并从合伙企业财产中支付。若约定由劣后级合伙人直接支付管理费，可能涉及以下操作模式：

• 费用转嫁：合伙企业先支付管理费，再通过收益分配机制将费用转嫁至劣后级合伙人；
• 直接支付：劣后级合伙人直接向管理人支付管理费，但需确保该支付不违反合伙协议关于资金使用的约定。

5. 法律建议

• 明确协议条款：若拟约定由劣后级合伙人支付管理费，建议在合伙协议中详细列明费用标准、支付方式、决策程序等，避免模糊表述；
• 评估合规风险：结合合伙企业类型（如有限合伙、普通合伙）、行业监管要求（如私募基金备案规定）等，评估该约定的合规性；
• 保留决策证据：若该约定需经全体合伙人同意，建议留存书面表决记录，以证明决策程序的合法性。

总结：合伙协议约定由劣后级合伙人支付基金管理费，在法律上并非绝对禁止，但需确保约定内容合法、合规且公平。若您对此有进一步疑问或需具体协议审查，可直接向我咨询，我将结合您的实际情况提供专业建议。