核心结论：因车辆商业险被拒赔而与对方协商处理的协议，关键要明确双方信息、事故情况、赔偿方案、双方权利义务、违约责任等内容。以下为你详细介绍协议应包含的条款及示例。

协议应包含的关键条款

1. 双方基本信息：写明协商双方（即你和对方）的姓名、身份证号、联系方式、住址等，确保信息准确无误，以便明确协议主体。
2. 事故基本情况：详细描述事故发生的时间、地点、经过，最好能附上交警部门出具的事故责任认定书编号，明确事故责任划分，这是后续协商赔偿的重要依据。
3. 商业险拒赔情况说明：说明车辆商业险被拒赔的原因，例如是否属于保险合同中的免责条款范围等，让对方清楚了解赔偿的背景情况。
4. 赔偿方案：这是协议的核心内容，要明确赔偿的项目（如车辆维修费、医疗费、误工费等）、金额以及支付方式和时间。赔偿金额要合理，最好有相关的费用清单作为附件。
5. 双方权利义务：明确双方在协议履行过程中的权利和义务，例如你方有义务按照协议约定支付赔偿款，对方有义务在收到赔偿款后不再就此事故向你方主张其他权利等。
6. 违约责任：规定如果一方违反协议约定应承担的责任，如支付违约金、赔偿对方因此遭受的损失等，以保障协议的顺利履行。
7. 争议解决方式：约定如果双方在履行协议过程中发生争议，应通过何种方式解决，如协商、仲裁或诉讼等。
8. 协议生效条款：明确协议的生效时间和条件，例如自双方签字（或盖章）之日起生效等。

协议示例

车辆事故协商赔偿协议

甲方（赔偿方）：[姓名]，身份证号：[身份证号码]，联系电话：[电话号码]，住址：[详细住址] 乙方（受偿方）：[姓名]，身份证号：[身份证号码]，联系电话：[电话号码]，住址：[详细住址]

鉴于[具体事故发生时间]在[事故发生地点]发生一起交通事故，经交警部门认定，甲方承担[具体责任比例]责任。甲方车辆所投保的商业险因[拒赔原因]被保险公司拒赔。现双方经友好协商，就赔偿事宜达成如下协议：

一、事故情况

[详细描述事故经过，可附上事故责任认定书编号]

二、赔偿项目及金额

1. 车辆维修费：经双方协商确定，乙方车辆维修费用为人民币[X]元。
2. 医疗费：乙方因事故产生的医疗费用共计人民币[X]元。
3. 误工费：乙方因事故误工[X]天，按照乙方月收入[X]元计算，误工费为人民币[X]元。
4. 其他费用：[如有其他费用，详细列出并说明金额]

以上赔偿金额总计人民币[X]元（大写：[大写金额]）。

三、支付方式及时间

甲方应在本协议签订之日起[X]日内，将上述赔偿款一次性支付至乙方指定的银行账户。 乙方指定银行账户信息如下： 开户银行：[银行名称] 账户名称：[账户姓名] 账号：[银行账号]

四、双方权利义务

1. 甲方应按照本协议约定的时间和方式支付赔偿款。
2. 乙方在收到甲方支付的赔偿款后，应向甲方出具收款凭证。
3. 乙方承诺在收到赔偿款后，不再就此事故向甲方主张其他任何权利。

五、违约责任

若甲方未按照本协议约定的时间和金额支付赔偿款，每逾期一日，应按照未支付金额的[X%]向乙方支付违约金。若逾期超过[X]日，乙方有权解除本协议，并要求甲方支付全部赔偿款及违约金，同时承担乙方因追讨赔偿款而产生的合理费用（如律师费、诉讼费等）。

六、争议解决方式

如双方在本协议履行过程中发生争议，应首先通过友好协商解决；协商不成的，任何一方均有权向有管辖权的人民法院提起诉讼。

七、协议生效

本协议自双方签字（或盖章）之日起生效，一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。

甲方（签字/盖章）：__________________ 日期：___年_月____日

乙方（签字/盖章）：__________________ 日期：___年_月____日

在签订协议前，建议你仔细阅读协议条款，确保协议内容符合你的意愿和实际情况。如果你对协议条款有任何疑问，可以直接向我咨询。