当公司扣发绩效工资且该行为侵害了劳动者的合法权益时，劳动者完全有权申请劳动仲裁来维护自身权益。以下是对此问题的详细分析：

一、申请劳动仲裁的条件

1. 扣发行为缺乏合理依据：

   • 若公司扣发绩效工资的行为没有合理合法的规章制度作为支撑，或者该制度未明确规定绩效工资的考核标准、扣减情形等，且未经过民主程序制定并公示告知劳动者，那么这种扣发行为就可能缺乏合理依据。

2. 未按照规章制度规定的程序进行：

   • 即使公司有相关的规章制度，但如果未按照规定的程序进行绩效工资的考核和扣减，如未提前告知劳动者考核标准、未给予劳动者申诉机会等，劳动者也有权申请劳动仲裁。

3. 扣发数额过高，明显不合理：

   • 如果公司扣发的绩效工资数额过高，明显超出了合理的范围，损害了劳动者的合法权益，劳动者同样可以申请劳动仲裁。

二、申请劳动仲裁的准备事项

1. 准备证据：

   • 劳动合同：证明劳动关系及双方对工资待遇的约定。
   • 绩效工资相关证据：如绩效工资的计算方式、考核标准、工资条、与绩效工资相关的沟通记录等，用以证明公司扣发绩效工资的行为缺乏合理依据或未按照规章制度规定的程序进行。
   • 工作成果相关证据：如完成的项目报告、业绩数据等，用以证明自己达到了相应的绩效标准，不应被扣发绩效工资。

2. 确定仲裁请求：

   • 劳动者可以根据实际情况提出要求用人单位足额支付绩效工资、支付因扣绩效工资产生的经济补偿金等仲裁请求。

三、申请劳动仲裁的流程

1. 提交仲裁申请：

   • 劳动者需向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请，并按照要求提供相关证据材料。

2. 等待受理：

   • 仲裁委员会将审查申请材料，并决定是否受理。如果受理，将通知劳动者和用人单位参加仲裁庭审。

3. 参加仲裁庭审：

   • 在仲裁庭审中，劳动者和用人单位将有机会陈述自己的观点和提供证据。仲裁委员会将根据双方提供的证据和法律规定作出裁决。

四、申请劳动仲裁的时效

• 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。如果劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议，劳动者申请仲裁不受这一时效期间的限制；但劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。

五、实际案例与法律后果

• 实际案例：在过往的案例中，许多劳动者通过申请劳动仲裁成功追回了被扣发的绩效工资，并获得了相应的经济补偿金。这些案例表明，申请劳动仲裁是维护劳动者合法权益的有效途径。
• 法律后果：如果用人单位无故克扣劳动者的绩效工资，将承担法律责任，包括支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可能被责令支付赔偿金。

总结与建议：当公司扣发绩效工资且该行为侵害了劳动者的合法权益时，劳动者应积极准备证据材料，明确仲裁请求，并在规定的时效期间内提出劳动仲裁申请。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律支持。