结论：旅游包车违规超运营数额5万元是否构成犯罪，不能一概而论，需结合具体情节判断，但通常情况下，该数额可能达到刑事立案标准，涉嫌非法经营罪。以下从不同角度详细分析：
一、法律背景与规定
根据《中华人民共和国刑法》第二百二十五条的规定，非法经营罪是指违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的行为：
- 未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；
- 买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；
- 未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；
- 其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
在旅游包车领域，如果未经许可擅自从事包车运营，且超运营数额达到一定标准，可能被视为“其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为”，从而构成非法经营罪。
二、数额与情节的判断
数额标准：
- 非法经营罪的立案标准通常涉及经营数额、违法所得数额等。虽然具体数额标准可能因地区和案件类型而异，但一般来说，经营数额在5万元以上，或者违法所得数额在1万元以上，就可能达到刑事立案标准。
- 在您提到的情况下，旅游包车违规超运营数额5万元，已经接近或可能超过了一些地区的非法经营罪立案标准。
情节严重性：
- 除了数额标准外，法院还会考虑其他情节，如非法经营的持续时间、是否造成严重后果、是否具有恶劣社会影响等。
- 如果旅游包车违规运营行为持续时间长、涉及乘客多、造成安全隐患或不良社会影响，那么构成犯罪的可能性就更大。
三、可能面临的法律后果
刑事处罚：
- 如果构成非法经营罪，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
行政处罚：
- 即使不构成犯罪，违规超运营行为也可能受到交通运输管理部门的行政处罚，如罚款、吊销运营许可证等。
四、建议与行动
立即停止违规行为：
- 如果您或您认识的人正在从事旅游包车违规超运营行为，应立即停止，以避免进一步的法律风险。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但根据约束条件调整表述）：
- 鉴于此类案件的复杂性和专业性，建议您直接向我咨询，以便更详细地了解案件情况，评估法律风险，并制定合适的应对策略。
配合调查与整改：
- 如果已经受到相关部门的调查或处罚，应积极配合，按照要求整改，以减轻可能的法律后果。
最后，旅游包车违规超运营数额5万元是否构成犯罪，需结合具体情节和当地司法实践来判断。如果您或您认识的人面临此类问题，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。