核心结论：儿子诈骗一万元立案后归还五千，后续处理需结合退赃情况、认罪态度、是否取得谅解等因素综合判断，可能面临刑事处罚但存在从轻空间。以下是具体分析：
1. 刑事立案后的法律性质
诈骗罪的立案标准因地区而异，但一万元通常已达到刑事立案标准（多数地区为3000元至1万元）。立案后，案件进入刑事诉讼程序，公安机关会侦查、检察院审查起诉、法院审判，最终可能判处刑罚。
2. 退赃5000元的法律意义
- 量刑情节：退赃是重要的从轻情节。根据《刑法》及相关司法解释，退赔被害人损失可减少基准刑的30%以下。归还5000元虽未全额退赃，但部分退赔仍能体现悔罪态度，对量刑有利。
- 程序影响：若在侦查阶段退赃，可能争取取保候审；若在审查起诉或审判阶段退赃，可作为认罪认罚、从宽处理的依据。
3. 可能面临的刑事处罚
- 量刑范围：诈骗一万元属于“数额较大”，法定刑为三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金。若全额退赃、认罪认罚且无前科，可能争取缓刑或单处罚金。
- 未全额退赃的影响：仅退5000元可能影响从宽幅度，但若其他情节（如自首、立功、初犯）配合，仍可能从轻处罚。
4. 关键处理建议
- 尽快全额退赃：若有能力，应督促儿子或家属尽快退还剩余5000元，以最大限度争取从轻处理。
- 认罪认罚：在侦查、审查起诉阶段签署《认罪认罚具结书》，可获得10%-30%的量刑减让。
- 取得被害人谅解：通过赔偿、道歉等方式争取被害人出具《谅解书》，这是重要的从宽情节。
- 委托律师介入：律师可协助与办案机关沟通，提交法律意见书，争取取保候审、缓刑或单处罚金等有利结果。
5. 特殊情形注意
- 是否构成自首：若儿子在立案后自动投案并如实供述，可认定为自首，进一步减轻处罚。
- 是否初犯、偶犯：若儿子无前科、主观恶性小，可强调此情节争取从宽。
- 地区差异：部分地区对诈骗罪的数额标准或量刑幅度有细化规定，需结合当地司法实践判断。
总结：当前需优先推动全额退赃、认罪认罚、取得谅解，并委托律师介入以争取最优结果。若您需要进一步分析具体情节或制定应对方案，可直接向我咨询，我会结合案件细节提供专业建议。