结论：诈骗5000元已退还但已立案的情况下，案件的处理会涉及多个方面，包括案件的撤销、从轻或减轻处罚的可能性，以及具体的法律程序等。以下是对这些方面的详细分析：

1. 案件撤销的可能性：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。对于诈骗案件，如果犯罪嫌疑人已经退还了诈骗所得，且情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，或者已过追诉时效期限的，或者经特赦令免除刑罚的，或者依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的，或者犯罪嫌疑人、被告人死亡的等情形，都可以考虑撤销案件。
   • 实际操作：虽然退还了诈骗所得，但并不意味着案件一定会被撤销。是否撤销案件，还需要综合考虑诈骗的情节、手段、后果以及犯罪嫌疑人的认罪态度、退赔情况等因素。如果诈骗情节较轻，且犯罪嫌疑人积极退赔、认罪态度好，那么撤销案件的可能性会相对较大。

2. 从轻或减轻处罚的可能性：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，对于犯罪分子具有法定从轻或减轻处罚情节的，如自首、立功、退赔等，可以在量刑时予以考虑。
   • 实际操作：在诈骗案件中，如果犯罪嫌疑人已经退还了诈骗所得，这通常会被视为一个积极的认罪态度和退赔行为，有可能在量刑时得到从轻或减轻处罚的考虑。但具体是否从轻或减轻处罚，以及减轻的幅度，还需要由法院根据案件的具体情况来决定。

3. 具体的法律程序：

   • 侦查阶段：在案件立案后，公安机关会进行侦查，收集证据，查明事实。如果在这个过程中发现犯罪嫌疑人已经退还了诈骗所得，且情节较轻，公安机关可能会考虑撤销案件或者将案件移送检察机关审查起诉时提出从轻或减轻处罚的建议。
   • 审查起诉阶段：如果案件被移送至检察机关审查起诉，检察机关会对案件进行全面审查，包括犯罪嫌疑人的退赔情况、认罪态度等。如果检察机关认为犯罪嫌疑人符合从轻或减轻处罚的条件，可能会在提起公诉时提出相应的量刑建议。
   • 审判阶段：在法院审判阶段，法院会根据案件的具体情况，包括犯罪嫌疑人的退赔情况、认罪态度、诈骗情节等，来决定是否对犯罪嫌疑人从轻或减轻处罚。

建议与提醒：

• 如果您或您身边的人遇到了类似的情况，建议积极配合公安机关的侦查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
• 同时，也可以考虑咨询专业律师（如我，彭东海律师，专注于刑事辩护领域），以获取更具体的法律建议和帮助。律师可以根据案件的具体情况，为您提供更全面的法律分析和辩护策略。
• 请注意，法律程序可能因地区而异，且每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类案件时，最好根据具体情况来制定相应的策略。