结论概述：使用他人已停止营业的营业执照赚取的钱款是否会被没收，需根据具体情况判断，主要涉及非法经营和不当得利两个法律层面。若构成非法经营，违法所得可能被没收；若属于不当得利，则需返还给原营业执照持有人或相关权利人。
详细分析：
非法经营层面：
- 法律定义：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪是指违反国家规定，未经许可经营专营、专卖物品或其他限制买卖的物品，或者买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件，以及从事其他非法经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为。
- 应用分析：若您使用他人已停止营业的营业执照进行经营活动，且该经营活动属于需要特定许可或批准的范畴，而您并未获得相应许可或批准，则可能构成非法经营。在此情况下，您通过非法经营所获得的收益，即违法所得，有可能被司法机关依法没收。
不当得利层面：
- 法律定义：不当得利是指没有合法根据，或事后丧失了合法根据而被确认为是因致他人遭受损失而获得的利益，应负返还的义务。
- 应用分析：即使您的经营活动不构成非法经营，但使用他人已停止营业的营业执照进行经营，本身就缺乏合法依据。因此，您通过该营业执照所获得的收益，可能被视为不当得利。在此情况下，您需要将这部分收益返还给原营业执照的持有人或相关权利人。
法律建议：
- 立即停止使用：如果您正在使用他人已停止营业的营业执照进行经营活动，建议您立即停止这种行为，以避免进一步的法律风险。
- 主动返还收益：如果您已经通过该营业执照获得了收益，且这些收益尚未被司法机关或相关权利人追索，建议您主动返还给原营业执照的持有人或相关权利人，以体现诚信和避免不必要的法律纠纷。
- 咨询专业律师：由于法律问题的复杂性和个体差异性，我建议您在处理此类问题时咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
后续行动建议：
- 审查自身行为：仔细审查自己使用他人营业执照进行经营活动的所有细节，包括经营活动的性质、规模、持续时间等，以便更准确地评估自己的法律风险。
- 准备相关证据：如果可能的话，收集并保存与经营活动相关的所有证据，如合同、交易记录、财务凭证等。这些证据可能在未来的法律纠纷中起到关键作用。
- 积极配合调查：如果司法机关或相关权利人对您使用他人营业执照进行经营活动展开调查，建议您积极配合并提供必要的协助和信息。
如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。