在房屋抵押面积小于实际面积的情况下，法院执行时会以抵押登记的面积为准，但会结合实际情况综合判断，确保执行程序的合法性与合理性。具体分析如下：

1. 抵押登记的效力优先
   根据《民法典》第402条，抵押权自登记时设立。法院执行时，原则上以抵押登记的面积作为执行依据。若抵押合同中明确约定了抵押范围（如房产证登记的面积），且已办理抵押登记，即使实际面积大于登记面积，法院通常以登记范围为限执行。这是因为抵押登记具有公示公信力，第三人（如其他债权人或购房者）可能基于登记信息产生信赖利益，法律需保护交易安全。

2. 实际面积大于登记面积的特殊处理
   若抵押权人能证明抵押时双方明知实际面积大于登记面积（例如合同中备注“实际面积以测绘为准”），或抵押物为整体房产（如整栋楼），法院可能突破登记面积限制，对实际抵押部分执行。但需满足以下条件：

   • 抵押合同中明确约定了实际面积或抵押范围（如“包括附属设施、共有部分等”）；
     
   • 抵押登记时未因疏忽或故意隐瞒导致面积误差；
     
   • 执行时需通过评估、测绘等程序确定实际抵押价值，避免损害其他债权人利益。

3. 执行程序中的注意事项

   • 评估与拍卖：法院委托评估机构对抵押物价值进行评估时，会以实际面积为准，但需在评估报告中注明登记面积与实际面积的差异，并说明执行范围以登记为准或按合同约定处理。
     
   • 优先受偿权：抵押权人仅对登记范围内的价值享有优先受偿权，超出部分视为普通债权。若实际面积价值高于债权金额，剩余部分归债务人所有；若不足，抵押权人可就其他财产继续追偿。
     
   • 异议处理：若债务人或其他利害关系人（如共有人）对执行范围提出异议，法院会审查抵押合同、登记资料及实际使用情况，必要时可要求抵押权人补正证据或调整执行方案。

建议：若您是抵押权人，执行前需核对抵押合同与登记资料，确认是否约定了实际面积或抵押范围；若您是债务人，可主张执行范围以登记为准，避免过度执行。如有争议，可提供测绘报告、合同条款等证据，申请法院审查。具体操作可进一步向我咨询，我会结合您的材料详细分析。