结论前置：赔偿未付清的情况下，要求销毁合同原件一般是不合法的，且可能引发一系列法律风险。以下从多个角度进行详细分析：
一、合同原件的法律效力与重要性
合同原件是证明双方存在合同关系、约定权利义务的最直接、最有力的证据。在合同纠纷中，合同原件往往被视为关键证据，对于确定双方的责任、义务以及违约赔偿等具有至关重要的作用。因此，合同原件的保存和保管对于维护合同双方的合法权益至关重要。
二、赔偿未付清与销毁合同原件的关系
赔偿未付清的法律状态：当一方未按照合同约定支付赔偿时，另一方有权依据合同约定或法律规定要求其履行支付义务。此时，合同仍然有效，双方的权利义务关系并未因赔偿未付清而终止。
销毁合同原件的法律后果：销毁合同原件可能导致双方无法证明合同的存在、内容以及各自的权利义务，从而引发法律纠纷。在赔偿未付清的情况下，销毁合同原件可能被视为放弃或损害自身权益的行为，甚至可能构成违约或违法行为。
三、赔偿未付清时要求销毁合同原件的合法性分析
从合同法的角度：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循诚实信用原则，履行各自的义务。在赔偿未付清的情况下，要求销毁合同原件显然违反了这一原则，也可能损害另一方的合法权益。
从证据法的角度：合同原件是重要的书证，具有证明合同关系、约定权利义务等法律效力。在赔偿未付清的情况下，销毁合同原件可能导致关键证据的灭失，从而影响案件的公正审理和当事人的合法权益。
四、建议与风险提示
保留合同原件：无论赔偿是否付清，双方都应妥善保管合同原件，以备不时之需。合同原件是维护自身权益的重要证据，不应轻易销毁。
通过法律途径解决纠纷：如果一方未按照合同约定支付赔偿，另一方可以通过法律途径（如诉讼、仲裁等）要求其履行支付义务。在解决纠纷的过程中，合同原件将发挥至关重要的作用。
谨慎处理合同原件的销毁：在特定情况下（如合同已履行完毕、双方协商一致且无争议等），可以销毁合同原件。但在赔偿未付清的情况下，销毁合同原件显然是不明智且可能违法的行为。
总结来说，赔偿未付清的情况下要求销毁合同原件一般是不合法的，且可能引发一系列法律风险。双方应妥善保管合同原件，并通过法律途径解决纠纷。如果你在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。