股东会决议同意担保但未经董事会批准，其担保的效力需结合具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、公司治理结构角度
公司章程规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十六条，公司向其他企业投资或者为他人提供担保，需要依照公司章程的规定，由董事会或者股东会、股东大会决议。这意味着，担保的决策程序首先应遵循公司章程的具体规定。
- 如果公司章程明确规定担保需经董事会批准，而实际上未经董事会批准，仅股东会决议同意，这可能构成对公司章程的违反。
决策程序的合规性：
- 即便公司章程未明确规定担保需经董事会批准，但按照一般公司治理原则，董事会作为公司的执行机构，对公司的重大经营决策负有审查义务。未经董事会批准的担保，可能在决策程序上存在瑕疵。
二、合同法角度
合同有效性要件：
- 担保合同作为特殊合同形式，需满足合同法的基本原则，包括合同主体的合法性、内容的合法性和明确性，以及双方的真实意思表示。
- 如果担保合同在签订时，双方意思表示真实，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么合同本身在形式上是有效的。
违规担保的法律后果：
- 然而，如果担保行为违反了公司法或公司章程关于决策程序的规定，这可能在合同效力上受到质疑。特别是当这种违规行为导致公司或股东利益受损时，相关责任人可能面临法律追究。
- 在实践中，如果相对人（如债权人）在接受担保时，不知道且不应当知道担保未经董事会批准，且已对公司决议进行了合理审查（如查看公司章程、股东会决议等），那么即使事后发现决议存在瑕疵，只要相对人无重大过失，担保合同通常仍会被认定为有效。
三、特殊情形下的考虑
相对人善意与非善意：
- 善意相对人：如果相对人在签订担保合同时，不知道且不应当知道担保未经董事会批准，且已对公司决议进行了合理审查，那么担保合同通常会被认定为有效。
- 非善意相对人：如果相对人知道或应当知道担保未经董事会批准，或未进行合理审查存在重大过失，那么担保合同可能对公司不发生效力。此时，公司可能需根据过错承担赔偿责任。
例外情形：
- 专业担保公司：以提供担保为主营业务的公司，其担保行为通常不需每次都经过董事会决议，担保合同一般有效。
- 关联公司担保：公司为其直接或间接控制的公司开展经营活动提供的担保，即使无董事会决议，也常认定为有效。
- 大股东同意：单独或共同持有公司三分之二以上对担保事项有表决权的股东签字同意的担保合同，即便无董事会决议，也可能被认定为有效。
四、法律建议
对公司而言：
- 应完善公司章程中的担保条款，明确担保的决策程序及限额，确保所有担保行为都经过合法的决策程序。
- 加强公章和法定代表人权力的管理，防止擅自以公司名义对外提供担保。
对相对人而言：
- 在接受担保时，应要求公司提供股东会或董事会的决议文件，并核实其真实性及合规性。
- 对公司章程进行审查，了解担保的决策程序及限额，确保自身权益不受损害。
总结来说，股东会决议同意担保但未经董事会批准，其担保的效力并非绝对无效，而是需结合具体情况来判断。为确保担保行为的合法性和有效性，公司应严格遵守公司治理和合同法的规定，相对人也应尽到合理的审查义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。