摩托车因交通违法被扣留后，车内电池的处理方式需根据具体情况判断，通常分为以下两种情形：

1. 电池属于摩托车原装部件且未被认定为违法物品
   若电池是摩托车出厂时的原装配置，且未被执法机关认定为与违法行为直接相关（例如未涉及非法改装、超标电池等），则电池会随摩托车一并被扣留。待车主处理完交通违法事宜（如缴纳罚款、接受处罚等）后，可凭相关凭证（如处罚决定书、取车通知等）到指定地点领回摩托车及电池。
   法律依据：根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》第三十条，执法机关扣留车辆后，应妥善保管，不得使用或损毁。电池作为车辆组成部分，原则上应随车返还。

2. 电池被认定为违法物品或存在安全隐患
   若电池因非法改装（如超标电压、容量）、存在安全隐患（如破损、漏液）或与违法行为直接相关（如使用盗窃电池），执法机关可能依法没收电池，或要求车主自行处理（如更换合规电池后才能取车）。此外，若电池属于易燃易爆危险品（如锂电池），执法机关可能按危险物品管理规定单独处置。
   法律依据：根据《道路交通安全法》第十六条，任何单位或个人不得拼装机动车或擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征。若电池涉及非法改装，可能被没收；根据《危险化学品安全管理条例》，危险物品需由专业机构处置。

建议行动步骤：

• 第一时间向扣留摩托车的执法机关（如交警队）确认电池状态，询问是否需额外处理；
  
• 若电池被扣留，要求执法机关出具书面说明（如扣留清单、处理通知），明确电池性质及取回条件；
  
• 如电池被没收或需更换，保留相关凭证（如缴费发票、新电池合格证），以便后续维权或申诉。
  

若有其他细节需进一步分析（如电池类型、违法行为具体情形），可直接向我咨询，我会结合具体场景为您详细解答。