当您的电动摩托车被扣后，处理违章的步骤如下：
首先，您需要了解具体的违章情况。通常，执法人员会在扣车时给您开具强制措施凭证，上面会详细记载违章情况、扣车地点、处理时间等信息。请务必妥善保管此凭证，以便后续处理。
接下来，您需要根据凭证上记载的时间地点，前往指定的交警部门或综合行政执法局接受处理。在处理时，您需要准备以下材料：
身份证明材料：个人身份证或驾驶证。如果您委托他人代为处理，还需要提供委托书和双方的身份证明材料。
车辆证明材料：行驶证、购车合同、发票或车辆合格证等，以证明被扣车辆属于您。
在交警部门或综合行政执法局，您需要接受处罚并缴纳罚款。罚款可以通过交通安全综合服务管理平台（如https://gd.122.gov.cn）或手机“交管12123APP”进行缴纳，也可以按照执法人员的指示现场缴纳。请务必在规定时间内完成罚款缴纳，以避免产生滞纳金或更严重的后果。
缴纳罚款后，您会获得一份放行单。持此放行单前往扣车场，即可取回您的电动摩托车。请注意，扣车场通常不会收取保管费。
此外，如果您对处罚决定不服，可以在收到决定书之日起六十日内向处罚机关所属的人民政府申请行政复议。同时，也请您注意遵守交通法规，确保驾驶安全。
最后，需要提醒的是，电动摩托车违章不仅会影响您的个人信用数据，还可能导致更严重的法律后果。因此，请务必遵守交通法规，文明驾驶。