此类案件涉及多方违法行为，需根据具体行为性质分别承担刑事责任、行政责任及民事责任，具体处理方式如下：

一、刑事责任层面：可能构成逃税罪与职务侵占罪（或非国家工作人员受贿罪）

1. 逃税罪（针对上家与下家）
   根据《刑法》第201条，若阴阳合同导致少缴税款数额较大（占应纳税额10%以上）且经税务机关通知补缴后仍不补缴，上家与下家可能被追究逃税罪刑事责任，处3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大且占应纳税额30%以上的，处3-7年有期徒刑，并处罚金。
   关键点：需税务机关先行下达追缴通知，若在规定期限内补缴税款、滞纳金并接受行政处罚，可不予追究刑事责任（但首次逃税除外）。

2. 职务侵占罪/非国家工作人员受贿罪（针对中介）

   • 若中介利用职务便利，通过阴阳合同截留差价（如将本应返还给上家的款项据为己有），可能构成职务侵占罪（《刑法》第271条），数额较大的处3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大的处3-10年有期徒刑，并处罚金。
     
   • 若中介以“吃差价”为目的，向上家或下家索取财物，可能构成非国家工作人员受贿罪（《刑法》第163条），量刑标准与职务侵占罪类似。
     关键点：需证明中介行为与职务便利直接相关，且差价性质为非法占有而非合法佣金。

二、行政责任层面：税务处罚与行业监管处罚

1. 税务处罚
   根据《税收征收管理法》第63条，税务机关可对上家与下家追缴少缴税款、滞纳金，并处少缴税款50%-5倍的罚款；若构成偷税，还可能被限制出境、纳入税收违法“黑名单”等。

2. 行业监管处罚
   房产中介可能面临住建部门处罚：

   • 根据《房地产经纪管理办法》第25条，中介不得赚取差价，否则可处1-3万元罚款；
     
   • 若中介参与逃税，可能被暂停或吊销经纪资格，甚至被行业协会除名。

三、民事责任层面：合同效力与差价返还

1. 阴阳合同效力

   • 用于备案的“阳合同”（低价）因损害国家税收利益，可能被认定为无效（《民法典》第154条）；
     
   • 实际履行的“阴合同”（高价）若未违反法律强制性规定，可能被认定为有效，但逃税条款无效。

2. 差价返还请求权

   • 若上家或下家能证明中介通过阴阳合同截留差价，可依据《民法典》第985条（不当得利）要求中介返还差价；
     
   • 若差价涉及上家与下家之间的利益分配（如实际成交价高于阳合同），双方可能需重新协商或通过诉讼解决。

四、实务建议：分阶段应对策略

1. 案发初期：

   • 上家与下家应立即补缴税款、滞纳金，争取避免刑事追责；
     
   • 中介应主动退还差价，配合调查以减轻处罚。

2. 刑事立案后：

   • 委托律师介入，分析逃税数额是否达到刑事标准、中介行为是否构成共犯；
     
   • 争取自首、立功等情节，争取从轻或减轻处罚。

3. 民事纠纷处理：

   • 收集阴阳合同、转账记录、沟通记录等证据，明确差价流向；
     
   • 通过诉讼或调解解决合同效力及差价返还问题。

总结：此类案件需同时应对刑事追责、行政处罚与民事纠纷，建议优先委托律师评估风险，制定综合应对方案。若有进一步细节（如差价金额、合同条款等），可向我补充说明，以便更精准分析。