针对商户经营者已死亡且行政违法行为尚未立案的情况，处理方式需结合法律程序与实际情况综合判断，具体如下：

1. 行政违法案件的立案条件不受经营者死亡影响
   根据《行政处罚法》及相关规定，行政机关对涉嫌违法的行为具有独立调查权，立案与否取决于违法行为是否存在、是否属于管辖范围等客观要件，经营者死亡本身不构成行政机关不予立案的法定理由。若违法行为事实清楚、证据充分，行政机关仍应依法立案调查。

2. 经营者死亡后的责任承担主体需明确

   • 个体工商户情形：若商户为个体工商户，根据《民法典》第五十六条，经营者死亡后，其债务（包括行政处罚对应的罚款等财产性责任）由其遗产继承人以继承遗产的实际价值为限承担。行政机关可依法将继承人列为被处罚主体，但需注意：
     
     • 继承人放弃继承的，行政机关可申请法院对商户财产采取保全措施；
       
     • 若商户无遗产或遗产不足以清偿罚款，行政机关可能面临执行不能的风险。
       
   • 公司制商户情形：若商户为公司法人，经营者死亡不影响公司主体资格，行政机关可直接对公司立案处罚，股东仅在未履行出资义务等特定情形下承担连带责任。

3. 程序上的特殊处理建议

   • 中止调查与恢复程序：若经营者死亡导致关键证据（如经营记录、合同等）无法获取，行政机关可依据《行政处罚法》第三十六条中止调查，待继承人配合或通过其他途径补全证据后恢复程序。
     
   • 公告送达与听证权利：若需对继承人作出处罚决定，行政机关应通过公告等方式送达法律文书，并保障其陈述、申辩及听证权利，避免程序违法。
     
   • 执行阶段灵活处理：在罚款执行阶段，若继承人确无履行能力，行政机关可与继承人协商分期缴纳或暂缓执行，但需符合《行政强制法》关于执行和解的规定。

4. 实务风险提示

   • 证据固定优先：行政机关应尽快固定商户违法证据（如现场检查记录、交易流水等），避免因经营者死亡导致证据灭失。
     
   • 继承人配合义务：若继承人拒绝配合调查，行政机关可依法对其采取强制措施（如责令到场接受询问），但需注意比例原则，避免过度干预继承事务。
     
   • 衔接刑事程序：若违法行为涉嫌犯罪（如非法经营罪），行政机关应将案件移送公安机关，由刑事程序处理继承人责任问题。

总结：经营者死亡不阻碍行政违法案件的立案，但需通过继承人或商户主体承担责任。行政机关应依法推进调查程序，同时兼顾继承人合法权益，避免程序瑕疵。若您需进一步分析具体案件中的证据链或责任划分，可直接向我咨询。