在处理债权人撤销抵押权的主法律关系后对抵押登记的问题时，我们首先要明确的是，这涉及到一系列复杂的法律程序和规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、债权人撤销抵押权的法律基础与情形
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，债权人在特定情形下有权申请撤销债务人的抵押行为。这些情形主要包括：
- 恶意串通：债务人与特定债权人串通，通过抵押行为损害其他债权人的利益。
- 无偿处分或恶意延长履行期限：债务人无偿处分其财产权益，或恶意延长到期债权的履行期限，从而影响债权人债权的实现。
- 明显不合理价格交易：债务人以明显不合理的低价转让财产、高价受让他人财产，或为他人债务提供担保，且相对人知情或应知情的。
二、撤销抵押权的法律后果
一旦抵押权被撤销，其法律后果是显著的：
- 抵押权无效：被撤销的抵押权自始无效，即视为从未设立。这意味着债权人将失去对该抵押财产的优先受偿权。
- 费用承担：债权人行使撤销权所产生的必要费用，如诉讼费、律师费等，应由债务人承担。
三、撤销抵押权后的抵押登记处理
在抵押权被撤销后，抵押登记的处理是关键环节：
- 注销抵押登记：债权人应持法院生效的撤销抵押权的判决书，向不动产登记机构申请注销抵押登记。这是恢复抵押财产原状、消除抵押权对财产影响的重要步骤。
- 登记机构审查：不动产登记机构在收到注销申请后，会进行审查。审查内容包括判决书的真实性、合法性以及抵押权是否已被有效撤销等。
- 完成注销：经审查无误后，不动产登记机构将办理注销抵押登记手续，并在登记簿上记载注销事项。至此，抵押权对抵押财产的影响被彻底消除。
四、特殊情况与注意事项
在处理撤销抵押权后的抵押登记问题时，还需注意以下特殊情况：
- 抵押财产已处分：如果抵押财产在撤销权行使前已被依法处分（如出售、转让等），即使撤销权成立，也可能无法直接追回抵押财产。此时，债权人只能要求债务人就处分所得价款进行清偿。
- 对其他债权人影响：撤销抵押行为可能影响其他善意债权人的利益。因此，法院在判决时需权衡各方利益，做出合理裁决。债权人应关注判决结果对其他债权人的影响，并据此调整自己的债权实现策略。
- 时间限制：撤销权的行使需在债权人知道或应当知道撤销事由之日起一年内提出，且自债务人的行为发生之日起五年内未行使的，撤销权消灭。因此，债权人应及时行使撤销权，避免错过时效。
- 行使范围：撤销权的行使范围应以债权人的债权为限。债权人不得超出其债权范围行使撤销权，否则可能面临法律风险。
综上所述，债权人撤销抵押权的主法律关系后，应通过合法途径申请注销抵押登记，以恢复抵押财产的原状并消除抵押权对财产的影响。在处理过程中，债权人需严格遵循法律规定，关注特殊情况与注意事项，以维护自己的合法权益。