在侵权纠纷中，若判决书判决由被告承担原告预交的案件受理费，原告可以通过以下流程来获得退费：
准备退费材料：
- 判决书原件及复印件：作为退费的直接依据，证明被告应承担案件受理费。
- 诉讼费缴费票据原件及复印件：证明原告已经预交了案件受理费。
- 原告的身份证明文件：如身份证复印件，用于确认原告身份。
- 退费申请书：详细说明退费请求、退费金额及退费理由。
向法院提交退费申请：
- 原告应将准备好的退费材料提交至原审理案件的法院，通常是立案庭或财务部门。
- 提交时，应确保所有材料的真实性和完整性，以便法院能够顺利审核。
法院审核与退费：
- 法院在收到退费申请后，会进行审核，确认判决书中的退费判决及原告提交的材料无误。
- 审核通过后，法院会按照规定的程序将案件受理费退还给原告。退费方式可能包括银行转账、现金领取等，具体取决于法院的规定和原告的选择。
在退费过程中，有几点需要注意：
- 退费时限：虽然法律没有明确规定退费的具体时限，但法院通常会在合理的时间内完成退费。如果原告长时间未收到退费，可以主动联系法院查询退费进度。
- 退费金额：退费金额应严格按照判决书中的判决来确定，包括案件受理费的具体数额及可能的利息等（如果判决书中有相关判决）。
- 退费凭证：原告在收到退费后，应妥善保管退费凭证，如银行转账记录、现金收据等，以备不时之需。
如果退费过程中遇到问题或纠纷：
- 如果法院未能及时退费或退费金额有误，原告可以首先与法院沟通，了解退费延迟或错误的原因，并要求法院及时纠正。
- 如果沟通无果，原告可以考虑向法院的上级部门或相关监督机构投诉，以维护自己的合法权益。
示例说明：
假设原告在侵权纠纷中预交了5000元的案件受理费，并最终赢得了官司，判决书判决由被告承担这5000元。那么，原告在准备好转费材料后，可以向法院提交退费申请。法院在审核无误后，会将这5000元退还给原告。如果退费过程中遇到任何问题，原告都可以按照上述建议来寻求解决方案。
希望以上解答能够帮助你更好地理解退费流程和相关注意事项。如果你在退费过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。