结论：甲方在合同中约定包干特殊地质是否合理，需结合具体情况判断，包括合同条款的明确性、双方协商过程、地质条件是否可预见等因素。以下从不同角度详细分析：

1. 合同条款的明确性

• 合理情形：若合同中明确约定了特殊地质的范围、处理方式及费用承担（如“本工程包含XX类特殊地质处理，费用已包含在包干价中”），且双方对此无异议，则该约定合理。此时，甲方已履行告知义务，乙方应自行评估风险。
• 不合理情形：若合同仅笼统提及“包干价包含所有地质条件”，但未明确特殊地质的定义或处理方式，可能导致乙方在履行中因地质复杂程度超出预期而主张调整合同价款。此时，条款可能因显失公平或约定不明被认定无效。

2. 地质条件的可预见性

• 可预见情形：若特殊地质（如溶洞、断层）在合同签订前已通过地质勘察报告明确，且乙方在报价时已考虑该风险，则甲方约定包干价合理。乙方作为专业主体，应自行承担可预见风险。
• 不可预见情形：若地质条件在合同签订后因不可抗力（如地震）或甲方隐瞒（如未提供完整地质资料）导致复杂程度显著增加，乙方可能依据《民法典》第533条（情势变更）或第563条（合同解除）主张调整价款或解除合同。

3. 双方协商过程与行业惯例

• 协商充分情形：若双方在合同签订前就特殊地质处理进行充分协商，并形成书面补充协议（如“遇XX类地质时，甲方额外支付XX元/立方米”），则该约定合法有效。
• 行业惯例支持：在建设工程领域，若包干价合同中约定“地质条件以初步设计为准，实际差异超过±X%时调整价款”，且该条款符合行业惯例，则甲方约定合理。

4. 法律风险与建议

• 对甲方：建议在合同中明确特殊地质的定义、处理方式及费用承担，并附地质勘察报告作为附件。同时，可约定“乙方未在约定期限内提出异议的，视为认可地质条件”，以固定风险分配。
• 对乙方：在签订包干价合同前，应仔细审查地质勘察报告，评估特殊地质风险。若发现甲方提供的资料不完整，可要求补充或主张调整价款。

5. 典型案例参考

• 案例1：某工程合同约定“包干价包含所有地质条件”，但施工中发现大量溶洞。法院认为，溶洞在地质勘察报告中未明确，且超出乙方可预见范围，最终支持乙方调整价款的请求。
• 案例2：另一工程合同明确“遇花岗岩地层时，甲方额外支付爆破费”，施工中确遇花岗岩。法院认为，条款清晰且双方协商一致，判决甲方按约支付费用。

总结：甲方在合同中约定包干特殊地质的合理性，需结合条款明确性、地质可预见性、协商过程及行业惯例综合判断。若您面临类似纠纷，建议提供合同文本及地质资料，以便进一步分析风险点及应对策略。