违规在小区车库养鸡的处罚需结合具体违法情形，可能涉及行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任，具体分析如下：

1. 行政处罚：依据《城市市容和环境卫生管理条例》或地方性法规
   若车库养鸡行为违反地方性法规中关于“禁止在居民区饲养家禽”或“影响市容环境卫生”的规定，通常由城管部门或综合执法部门责令改正，并处以罚款。例如：

   • 《北京市市容环境卫生条例》第五十三条规定，违规饲养家禽的，可处50元以上500元以下罚款；
     
   • 《上海市市容环境卫生管理条例》第四十六条明确，责令限期处理，逾期不处理的可没收家禽并处50元以上200元以下罚款。
     关键点：处罚需以地方具体法规为依据，需查询当地条例确认罚款幅度。

2. 民事赔偿：基于《民法典》侵权责任
   若养鸡行为导致邻居生活受扰（如噪音、异味、卫生问题），或造成他人财产损失（如鸡啄坏车辆、污染公共区域），受害方可要求养鸡人停止侵害、排除妨碍，并赔偿损失。例如：

   • 邻居因鸡鸣失眠要求精神损害赔偿，需证明因果关系及损失金额；
     
   • 鸡粪污染车库地面导致车辆损坏，需赔偿维修费用。
     关键点：需保留证据（如照片、视频、医疗记录、维修发票等）以支持索赔。

3. 物业或业委会的内部管理措施
   根据《物业管理条例》及小区《管理规约》，物业有权要求业主停止违规行为，并可采取停水停电、限制车辆进出等措施（需符合合同约定及法律程序）。若业主拒不整改，物业可向法院起诉要求排除妨碍。
   关键点：物业措施需合法，避免侵犯业主合法权益（如私自处置家禽可能涉嫌侵权）。

4. 特殊情形：涉及公共卫生或刑事责任

   • 若养鸡导致禽流感等疫情传播，可能违反《传染病防治法》，需承担行政责任甚至刑事责任；
     
   • 若养鸡数量较大（如超过地方规定的“家庭饲养”标准），可能被认定为“规模化养殖”，需办理动物防疫条件合格证等手续，否则面临更严厉处罚。
     

建议行动步骤：

1. 先与养鸡人协商，要求其限期整改；
   
2. 若协商无果，向物业或业委会投诉，要求其介入处理；
   
3. 仍无改善的，向当地城管部门举报（拨打12345或通过政务平台）；
   
4. 若造成实际损失，可收集证据后向法院起诉。
   

如有进一步细节（如地方具体法规、损失情况等），可向我补充说明，我会结合案例为您分析具体应对方案。