结论：在船厂工作三个月后急辞，若主管不同意而直接离职，公司是否扣工资需分情况讨论。以下是对此问题的详细分析：
公司无故克扣工资的情况
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。若公司仅因员工急辞就扣工资，且无合理依据和法律规定，这种做法是违法的。
- 在这种情况下，你有权向公司提出异议，并要求公司支付被扣的工资。如果公司拒绝支付，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁途径维护自己的合法权益。
公司有合法依据扣除工资的情况
- 员工给公司造成经济损失：根据《工资支付暂行规定》第十六条，若你因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求你赔偿经济损失，且经济损失的赔偿可从工资中扣除。但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 公司有明确的规章制度：若公司有经过民主程序制定并向员工公示的明确规章制度，规定在员工急辞时可扣除一定款项，且扣除方式符合法律法规，那么这种扣除可能是合法的。但即便如此，扣除的金额和方式也必须严格遵守相关法律法规的规定。
关于急辞的合法性及建议
- 急辞本身可能并不违法，但最好提前与公司沟通并按照公司规定办理离职手续。如果确实需要急辞，建议尽量与公司协商，以达成双方都能接受的解决方案。
- 如果公司不同意急辞并要求你继续工作，而你直接离职，这可能会构成违约行为。但即便如此，公司也不能因此无故克扣你的工资。
行动建议：
- 首先，与公司沟通，了解公司对于急辞的具体规定和要求，尽量按照公司规定办理离职手续。
- 如果公司不同意急辞并要求你继续工作，而你确实需要离职，建议与公司协商一个合理的离职时间，并尽量达成书面协议。
- 如果公司无故克扣你的工资，你可以向公司提出异议，并要求公司支付被扣的工资。如果公司拒绝支付，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
法律后果：
- 如果公司无故克扣你的工资，你有权通过法律途径维护自己的合法权益。劳动监察部门或劳动仲裁机构可能会责令公司支付被扣的工资，并可能对公司进行罚款等处罚。
- 如果你直接离职构成违约行为，公司可能会要求你承担违约责任，如支付违约金等。但违约金的金额和支付方式也必须严格遵守相关法律法规的规定。
总之，在处理此类问题时，建议你保持冷静和理性，尽量与公司协商解决。如果无法协商解决，你可以寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。