结论前置：农村自建房屋顶开裂漏水，若因包工头施工问题导致，您确实可以去法院起诉包工头要求赔偿。以下是从多个角度对此问题的详细分析：
一、法律关系分析
合同关系：
- 如果您与包工头之间签订了书面或口头的施工合同，且合同中明确规定了施工质量标准和保修期限，那么屋顶开裂漏水若属于施工质量问题，且在保修期限内，您有权依据合同要求包工头进行修复或赔偿。
- 即便没有书面合同，如果能够证明双方存在事实上的施工合同关系，且屋顶开裂漏水是由于包工头的施工不当造成的，您同样有权要求包工头承担责任。
侵权责任：
- 如果屋顶开裂漏水是由于包工头的施工行为直接导致了您的财产损失（如房屋内部装修损坏、家具受损等），您还可以依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，要求包工头承担侵权责任，包括赔偿损失等。
二、证据收集与准备
- 施工合同：如有，应作为首要证据提交，以证明双方之间的法律关系及约定的施工标准和保修期限。
- 现场照片或视频：记录屋顶开裂漏水的具体情况，以及可能因漏水导致的其他财产损失。
- 维修记录或报价单：如果曾尝试自行维修或咨询过其他维修人员，相关的维修记录或报价单可以作为损失程度的参考。
- 证人证言：如有目击者或了解情况的邻居，他们的证言也可以作为辅助证据。
三、诉讼流程与注意事项
起诉前准备：
- 在起诉前，您可以尝试与包工头进行协商，看是否能够达成和解协议，避免诉讼带来的时间和精力成本。
- 如果协商无果，您可以准备起诉材料，包括起诉状、证据清单及证据材料等，向法院提起诉讼。
诉讼过程中：
- 在诉讼过程中，您需要积极配合法院的调查和审理工作，按时出庭参加诉讼活动。
- 同时，您也可以委托律师代理诉讼，以更好地维护自己的合法权益。
判决与执行：
- 如果法院判决包工头承担赔偿责任，但包工头拒不履行判决义务，您可以向法院申请强制执行，通过法律手段迫使包工头履行赔偿义务。
四、可能面临的挑战与应对
- 证据不足：如果证据不足或存在争议，可能会影响法院的判决结果。因此，在起诉前应尽可能收集充分的证据来支持自己的主张。
- 包工头拒不认账：如果包工头拒不承认施工质量问题或拒绝赔偿，您需要通过法律途径来维护自己的权益。在此过程中，保持冷静和理性，积极配合法院的工作是关键。
最后建议：农村自建房屋顶开裂漏水是一个涉及合同和侵权责任的问题。在处理此类纠纷时，建议您首先收集并整理好相关证据材料，然后尝试与包工头进行协商解决。如果协商无果或包工头拒不承担责任，您可以向法院提起诉讼来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。