关于第二次承包土地未通过村民小组组长确认是否合法的问题，结论需分情况讨论：

1. 若承包程序符合法定要求，村民小组组长确认并非必要环节
   根据《农村土地承包法》及相关政策，土地承包的核心程序是村民会议或村民代表会议民主协商、乡镇政府备案、签订书面承包合同。村民小组组长作为基层执行者，其角色是协助组织承包工作，但法律未赋予其确认承包合法性的权力。例如：若承包方案已通过村民会议三分之二以上成员同意，并依法完成备案，即使未单独经组长确认，承包行为仍合法有效。

2. 若地方性法规或村规民约要求组长参与，需具体分析
   部分地区可能通过地方性法规或村规民约补充规定承包程序（如要求组长签字见证），但此类规定不得与上位法冲突。若规定仅涉及程序便利性（如组长负责整理材料），未实质影响承包民主性，则未确认可能仅导致程序瑕疵，不影响合同效力；但若规定组长确认是生效要件，则可能因程序违法导致承包无效。需结合具体规定判断。

3. 实践中需警惕的潜在风险

   • 程序瑕疵风险：即使组长确认非法定要件，若承包过程中未依法履行民主议定程序（如未召开村民会议、未公示方案），仍可能因程序违法被撤销。
     
   • 权属纠纷风险：若组长未参与导致承包边界、面积等关键信息未核实，可能引发后续争议，建议承包时主动要求组长或村委会协助确认四至范围并签字备案。

法律建议：

• 若您已依法完成承包程序（如通过民主议定、签订合同、备案），无需因未通过组长确认而担忧合法性；
  
• 若地方规定或村规民约要求组长参与，建议补全确认手续以避免纠纷；
  
• 若承包程序存在瑕疵（如未民主协商），即使组长确认也可能被认定无效，需及时补正程序或咨询律师处理。

进一步行动：
如需具体分析您所在地区的承包程序要求或争议解决方案，可直接向我提供承包合同、村民会议记录等材料，我将结合《农村土地承包法》及地方政策为您详细解答。