第二轮土地承包合同经过村民小组、村委会同意，一般并不违规。以下从多个角度为你详细分析：

法律背景与规定

根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，农村土地承包方案应当依法经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意。在第二轮土地承包过程中，村民小组和村委会作为农村集体经济组织的管理机构，其同意是承包合同合法有效的重要前提之一。这确保了土地承包的民主性和合法性，保护了集体经济组织成员的合法权益。

同意的效力与作用

1. 村民小组的同意：村民小组作为农村集体经济组织的基本单元，对土地承包方案有直接的参与和决策权。其同意意味着承包方案得到了基层组织的认可，有助于确保承包合同的顺利执行。
2. 村委会的同意：村委会作为农村集体经济组织的上级管理机构，对土地承包方案有监督和管理的职责。其同意不仅体现了对承包方案的认可，还起到了备案和监督的作用，有助于维护农村土地承包的秩序和稳定。

可能的违规情况

虽然村民小组和村委会的同意是承包合同合法有效的重要前提，但并不意味着只要经过同意就一定不会违规。以下是一些可能的违规情况：

1. 未经法定程序同意：如果承包方案未经村民会议或村民代表会议三分之二以上成员或代表的同意，即使村民小组和村委会同意，也可能因违反法定程序而无效。
2. 承包方案内容违法：如果承包方案的内容违反了法律法规的强制性规定，如侵犯了集体经济组织成员的合法权益、改变了土地用途等，即使经过村民小组和村委会的同意，也可能因内容违法而无效。
3. 存在利益输送或腐败行为：在承包过程中，如果存在利益输送、腐败行为等不正当手段，即使经过村民小组和村委会的同意，也可能因违反公平、公正原则而引发纠纷和争议。

法律建议与后果

1. 确保法定程序：在签订第二轮土地承包合同时，应确保承包方案经过村民会议或村民代表会议三分之二以上成员或代表的同意，并保留好相关会议记录和同意文件。
2. 审查承包方案内容：在签订合同前，应仔细审查承包方案的内容，确保其符合法律法规的强制性规定，不侵犯集体经济组织成员的合法权益，不改变土地用途等。
3. 避免不正当手段：在承包过程中，应避免利益输送、腐败行为等不正当手段，确保承包过程的公平、公正和透明。

如果违反了相关规定，可能导致承包合同无效或引发纠纷和争议。因此，在签订第二轮土地承包合同时，务必确保经过村民小组和村委会的同意，并严格遵守相关法律法规和程序要求。

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