作为律师，针对有限责任公司股东超过法定人数的情况，登记机关的处理方式需结合《公司法》及相关规定进行综合判断，具体处理路径如下：

1. 法定人数限制与超员认定
   根据《公司法》第二十四条，有限责任公司由50个以下股东出资设立。若申请登记时股东人数超过50人，登记机关应直接依据该条款不予受理，并要求申请人调整股东结构至合法范围（如通过股权转让、增资扩股等方式减少股东人数）。

2. 特殊情形下的处理规则

   • 职工持股会或工会代持：若公司通过职工持股会或工会间接持股，需审查其是否符合《公司法司法解释（三）》中关于“名义股东与实际出资人”的规定。若代持协议合法且不损害第三方利益，登记机关可要求申请人补充提交代持协议、职工大会决议等材料，但股东人数仍需按名义股东数量计算（即代持机构视为1名股东）。
     
   • 股权信托或合伙企业持股：若股东通过信托计划或合伙企业间接持股，需依据《信托法》《合伙企业法》审查其合法性。若信托或合伙企业本身作为股东符合《公司法》要求（即数量不超过50人），登记机关可予以登记，但需备注实际出资人信息。

3. 历史遗留问题的过渡安排
   对于《公司法》修订前（如2005年修订前无50人限制）已设立的股东超员公司，登记机关可依据“法不溯及既往”原则，允许其通过股权转让、公司分立、改制为股份有限公司等方式逐步规范。但新设公司或变更登记时，必须严格适用现行《公司法》的50人上限。

4. 登记机关的审查义务与程序
   登记机关在受理申请时，需履行形式审查与实质审查双重职责：

   • 形式审查：核对股东名册、公司章程等文件是否载明股东人数及身份信息；
     
   • 实质审查：通过国家企业信用信息公示系统、股权登记托管机构等渠道核查股东真实性，防止通过虚假代持规避限制。
     若发现申请人隐瞒超员事实或提供虚假材料，登记机关可依据《公司登记管理条例》第六十四条作出罚款、撤销登记等处罚。

实务建议：若公司因股东超员面临登记障碍，建议优先通过股权转让、增资扩股引入战略投资者，或设立持股平台（如有限合伙企业）集中管理股权。若涉及职工持股等复杂情形，可进一步向我咨询具体方案设计。