结论：三十年前商业贿赂5000元是否构成犯罪以及当年是否会有案底，需结合当时的法律规定、追诉时效以及具体案情来综合判断。以下为详细分析：
一、关于是否构成犯罪
法律规定：
- 商业贿赂行为通常涉及的是非国家工作人员受贿罪或行贿罪等罪名，具体取决于行为人的身份和贿赂的对象。在三十年前，即1990年代，我国对于商业贿赂的法律规定可能不如现在完善，但基本原则和框架已经存在。
- 根据当时的《中华人民共和国刑法》（需注意，具体条款可能因年份不同而有所修订，但此处讨论的是原则性规定）及相关司法解释，如果贿赂行为符合犯罪构成要件，即存在主观故意、客观行为以及社会危害性，那么就可能构成犯罪。
数额标准：
- 5000元在三十年前可能是一个相对较大的数额，但具体是否达到犯罪标准，还需参考当时的司法解释或相关规定。不同时期、不同地区的经济水平不同，对犯罪数额的认定也会有所差异。
- 如果当时的法律规定或司法解释明确将5000元作为商业贿赂的犯罪数额标准，那么该行为就可能构成犯罪。
具体案情：
- 除了数额和法律规定外，还需考虑具体案情，如贿赂的目的、方式、对象以及是否造成了严重后果等。这些因素都可能影响对行为是否构成犯罪的判断。
二、关于当年是否会有案底
追诉时效：
- 如果三十年前的商业贿赂行为确实构成犯罪，那么还需考虑追诉时效的问题。根据《中华人民共和国刑法》的规定，不同犯罪的追诉时效是不同的，最长可达二十年。
- 如果该行为已经超过了追诉时效，那么即使构成犯罪，也可能不再被追究刑事责任，因此也就不会留下案底。
司法实践：
- 在司法实践中，对于历史遗留问题，特别是涉及追诉时效的问题，司法机关会综合考虑多种因素来决定是否追究刑事责任。这包括行为的性质、社会危害性、当事人的认罪态度以及是否已经过了追诉时效等。
案底记录：
- 如果该行为被认定为犯罪且未超过追诉时效，那么当事人就可能留下案底。案底记录通常包括犯罪事实、判决结果以及执行情况等信息，对当事人的未来生活和工作可能产生一定影响。
三、建议
查阅历史资料：
- 由于时间久远，要准确判断三十年前的商业贿赂行为是否构成犯罪以及是否会有案底，需要查阅当时的法律规定、司法解释以及相关案例等资料。
咨询专业律师：
- 鉴于法律问题的复杂性和专业性，建议当事人或相关人士咨询专业律师以获取更准确、更全面的法律意见。虽然我不能直接给出最终结论，但我可以根据你提供的具体信息，结合当时的法律规定和司法实践，为你提供更具体的分析。
考虑实际情况：
- 在处理此类历史遗留问题时，还需考虑实际情况和当事人的利益。如果可能的话，可以尝试通过协商、调解等方式解决争议，以减少对当事人的不利影响。
如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况和需求，为你提供专业、全面的法律服务。