结论：在项目已安装完毕但未验收，且对方公司现在破产清算的情况下，能否按合同总额申请债权，需根据具体情况判断，一般不能直接按合同总额申请债权，但可申报债权，具体数额需依据合同条款、实际履行情况及法律规定来确定。以下从不同角度进行分析：
一、债权申报的法律依据
根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，债权人应当在人民法院确定的债权申报期限内向管理人申报债权。申报债权时，应当书面说明债权的数额和有无财产担保，并提交有关证据。因此，即使项目未验收，您仍有权向破产管理人申报债权。
二、债权数额的确定
合同条款的约定：
- 首先，需要审查合同中关于验收、付款及违约责任的条款。如果合同明确约定了验收合格后支付全部款项，且未验收是由于对方公司的原因导致的，那么您可能有权要求按照合同总额申报债权，但需提供充分证据证明已履行了合同义务（如安装完毕的证据）及对方公司的违约行为。
- 如果合同中有关于未验收情况下付款的特别约定（如预付款、进度款等），则应按照合同约定来申报债权。
实际履行情况：
- 除了合同条款外，还需考虑实际履行情况。如果项目虽未验收，但已实际投入使用或对方公司已接受部分工作成果，这可能影响债权的数额。在这种情况下，您可能只能按照实际履行部分的价值来申报债权。
法律规定：
- 根据《民法典》中关于合同履行和违约责任的规定，如果对方公司因破产而无法履行合同，您有权要求其承担违约责任，包括赔偿损失等。但这一权利的实现需通过破产程序来申报债权，并与其他债权人按比例受偿。
三、申报债权的建议
收集证据：
- 尽快收集与合同履行相关的所有证据，包括合同文本、安装记录、验收申请、沟通记录等，以证明您已履行了合同义务及对方公司的违约行为。
咨询专业意见：
- 由于破产程序涉及复杂的法律问题和程序，建议您在申报债权前咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保护。
积极参与破产程序：
- 关注破产程序的进展，积极参与债权人会议，了解破产管理人的工作进展和其他债权人的情况，以便及时调整您的申报策略。
四、可能面临的法律后果
- 如果您的债权申报被破产管理人认可，您将按照破产程序的规定与其他债权人按比例受偿。
- 如果您的债权申报被驳回或部分驳回，您有权向人民法院提起诉讼或申请仲裁来维护您的权益。但需注意，在破产程序中提起诉讼或申请仲裁可能面临一定的程序障碍和风险。
综上所述，在项目已安装完毕但未验收，且对方公司现在破产清算的情况下，您不能直接按合同总额申请债权，但可以根据合同条款、实际履行情况及法律规定来申报债权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。