持有客运资格证的驾驶员夜间超速的扣分规定，需结合超速的具体情形及道路类型来确定，具体如下：

1. 一般道路超速

   • 超速20%以上未达50%：根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十条第二项，驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆以外的机动车在一般道路上行驶超过规定时速20%以上未达到50%的，一次记3分。但若驾驶的是客运车辆（属于中型以上载客汽车），则依据第十二条第一项，一次记6分。
   • 超速50%以上：依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第八条第二项，驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆在一般道路上行驶超过规定时速50%以上的，一次记9分。

2. 高速公路或城市快速路超速

   • 超速20%以上未达50%：依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第十条第三项，驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆以外的机动车在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速20%以上未达到50%的，一次记6分。但若驾驶的是客运车辆，则依据第八条第三项，一次记9分。
   • 超速50%以上：依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第八条第五项，驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速50%以上的，一次记12分。

补充说明：

• 夜间超速的特殊性：夜间行车视线较差，超速行为的风险更高，但法律对超速的处罚主要依据超速比例和道路类型，而非时间段。不过，部分地区可能通过电子眼抓拍或现场执法加强对夜间超速的管控。
• 客运资格证的影响：持有客运资格证的驾驶员属于职业司机，需遵守更严格的安全规范。超速行为不仅会扣分，还可能面临罚款、暂扣或吊销驾驶证、从业资格证等处罚，甚至影响企业安全信用评级。
• 地区差异：部分省份可能根据本地交通状况制定更严格的处罚标准，建议结合当地具体规定执行。

建议：

• 严格遵守限速规定，夜间行车降低车速，确保安全。
• 定期通过交管12123APP查询违章记录，及时处理扣分和罚款。
• 若因超速被处罚，可咨询我进一步了解申诉或复核流程。