核心结论：在代位追偿修车且您已自行支付5000元的情况下，对方应赔偿的金额及方式取决于事故责任划分、保险情况等因素，一般有以下几种情况。

1. 对方有保险且负全责
   • 赔偿金额：对方保险公司应赔偿您修车的全部费用，即5000元。因为对方负全责，对于您因本次事故产生的合理修车损失，对方保险公司需在保险责任范围内承担赔偿责任。
   • 赔偿方式：您需要先向自己的保险公司申请代位追偿，将自己的索赔权益转让给保险公司。然后您的保险公司会向对方保险公司进行索赔。在这个过程中，您要提供修车发票、事故责任认定书等相关材料。对方保险公司在审核通过后，会将5000元赔偿款支付给您的保险公司，您的保险公司再与您结算（有些情况下可能直接将钱给您，具体看保险公司操作流程）。
2. 对方有保险但负部分责任
   • 赔偿金额：对方保险公司按照对方在事故中所负的责任比例来赔偿。例如，对方负70%的责任，那么对方保险公司应赔偿您5000元×70% = 3500元；您自己需要承担剩余的30%，即1500元。不过，如果您购买了车损险且申请了代位追偿，您的保险公司会先赔付您全部的5000元，然后您的保险公司取得向对方及其保险公司追偿3500元的权利。
   • 赔偿方式：同样，您先向自己的保险公司申请代位追偿并提供相关材料。您的保险公司赔付您后，会依据责任比例向对方及其保险公司追偿相应金额。对方保险公司会根据责任认定和保险合同约定，将应承担的部分支付给您的保险公司。
3. 对方无保险
   • 赔偿金额：对方需要个人承担您修车的全部费用5000元（如果对方全责）。如果对方负部分责任，就按照责任比例承担相应金额，比如对方负60%责任，则需赔偿5000元×60% = 3000元。
   • 赔偿方式：您先通过自己的保险公司代位追偿，您的保险公司赔付您后，会向对方进行追偿。但这种情况下，如果对方没有足够的财产来支付赔偿款，您可能会面临执行难的问题。您可以通过向法院起诉对方，获得生效判决后申请强制执行对方的财产。

后续建议：在整个过程中，您要保留好所有与事故和修车相关的证据，如事故现场照片、交警出具的事故责任认定书、修车发票、维修清单等。如果遇到对方不配合或者保险公司处理不当等情况，您可以进一步向我咨询，我会根据具体情况为您提供详细的法律解决方案。