针对您提出的“职工旷工如何处理”的问题，这确实是一个涉及劳动法规和企业管理制度的重要议题。下面我将结合相关法律法规和实际情况，为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，旷工是违反用人单位规章制度的行为，用人单位有权根据内部规定对旷工职工进行相应的处理。但处理的方式和程度需要严格遵循法律法规的规定，以确保公平、公正和合法。

一、对于一般职工旷工的处理

1. 依据规章制度：用人单位应首先依据内部制定的规章制度来处理旷工问题。这些规章制度应明确旷工的定义、处理方式和程序，并经过民主程序制定和公示，以确保其合法性和有效性。

2. 警告、记过等纪律处分：对于初次旷工或旷工时间较短的职工，用人单位可以给予警告、记过等纪律处分，以起到警示和教育的作用。

3. 解除劳动合同：对于严重旷工或多次旷工的职工，如果其行为已经严重违反了用人单位的规章制度，且给用人单位造成了重大损失或影响，用人单位可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，单方面解除劳动合同，且无需支付经济补偿金。但需要注意的是，解除劳动合同前，用人单位应确保已经履行了必要的程序，如催告、通知等。

二、对于特殊职工（如孕期、产期、哺乳期女职工）旷工的处理

对于特殊职工，如孕期、产期、哺乳期的女职工，法律给予了特别的保护。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条的规定，用人单位不得以无过失性辞退或经济性裁员等理由辞退这些女职工。但是，如果她们存在严重违反用人单位规章制度的行为，如恶意旷工、长期缺勤等，且用人单位已经履行了必要的程序，如催告、通知等，仍然可以依法解除劳动合同。

三、具体案例分析

以您提供的案例为例，如果小甲的旷工行为并非恶意对抗公司管理，而是因孕期身体原因前往医院就医，并事后及时向公司进行了解释说明，且未给公司造成严重损失，那么乙公司以旷工为由辞退小甲就属于违法解除，应依法支付经济赔偿金。因为在这个案例中，小甲的旷工行为并未达到“严重违反用人单位规章制度”的程度。

四、建议

1. 完善规章制度：用人单位应完善内部规章制度，明确旷工的定义、处理方式和程序，并确保其合法性和有效性。

2. 加强沟通：对于旷工职工，用人单位应加强与其的沟通，了解旷工原因，并尽力提供帮助和支持。如果旷工行为确实存在，应依据规章制度进行严肃处理，但也要确保处理方式的合法性和合理性。

3. 依法处理：在处理旷工问题时，用人单位应严格遵循法律法规的规定，确保处理方式的合法性和公正性。如果涉及解除劳动合同等重大事项，应确保已经履行了必要的程序，如催告、通知等。

综上所述，职工旷工的处理需要依据内部规章制度和法律法规的规定进行。用人单位应完善规章制度、加强沟通、依法处理旷工问题，以确保企业的正常运营和职工的合法权益。