结论：明知借款用于违法挂靠工程项目，该借款合同通常会被认定为无效，因为这违背了公序良俗原则。下面我将从多个角度进行详细分析。
一、公序良俗原则的法律基础
公序良俗，即公共秩序和善良风俗，是民法中的一项基本原则。它要求民事主体的行为应当遵守公共秩序，符合善良风俗，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。在借款合同中，如果双方明知借款用途违法，仍然签订借款合同，这显然违背了公序良俗原则。
二、借款合同无效的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为也是无效的。在明知借款用于违法挂靠工程项目的情况下，借款合同因违背公序良俗而无效。
三、具体案例分析
假设甲向乙借款，并明确告知乙借款将用于违法挂靠工程项目。乙在明知这一情况下，仍然与甲签订了借款合同。在此情况下，由于借款用途违法，且双方均明知，因此该借款合同违背了公序良俗原则，应当被认定为无效。合同无效后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
四、法律后果与风险提示
合同无效：如前所述，明知借款用于违法挂靠工程项目的借款合同将被认定为无效。
财产返还与损失赔偿：合同无效后，双方需要返还因合同取得的财产，并可能需要根据过错程度承担损失赔偿责任。
法律风险：参与违法挂靠工程项目不仅可能导致借款合同无效，还可能面临行政处罚甚至刑事责任。因此，建议各方在签订借款合同时，务必审慎审查借款用途，避免涉及违法活动。
五、建议与措施
审慎审查借款用途：在签订借款合同前，出借人应当审慎审查借款人的借款用途，确保借款用途合法合规。
明确合同条款：在借款合同中明确约定借款用途、还款方式、违约责任等条款，以降低合同风险。
寻求法律帮助：如果对于借款合同的合法性或有效性存在疑问，建议及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
总结：明知借款用于违法挂靠工程项目，该借款合同通常会被认定为无效。这不仅是因为它违背了公序良俗原则，还可能涉及违法活动，给各方带来严重的法律后果。因此，在签订借款合同时，务必审慎审查借款用途，确保合同合法有效。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。