结论：员工在职攻读博士期间违反服务期规定辞职，是否需要退还工资和奖金，这主要取决于劳动合同或相关协议中的具体约定，以及当地法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同或协议约定：

   • 如果劳动合同或员工与公司签订的在职攻读博士相关协议中明确规定了服务期，以及违反服务期应承担的责任（包括退还工资和奖金等），那么员工在违反服务期规定辞职时，很可能需要按照约定退还相应的工资和奖金。
   • 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者可以约定服务期，以及违反服务期的违约金。虽然直接的法律条款可能并未明确提及工资和奖金的退还，但违约金或赔偿责任的约定可以涵盖这一方面，具体取决于双方协议的内容。

2. 当地法律法规：

   • 除了劳动合同或协议的约定外，当地法律法规也可能对这一问题有所规定。例如，某些地区可能明确规定了员工违反服务期时应退还的工资和奖金的范围和条件。
   • 建议：因此，在处理此类问题时，应首先查阅当地的法律法规，了解是否有相关规定，并据此进行判断。

3. 公平合理原则：

   • 即使劳动合同或协议中有相关约定，也应考虑这些约定是否公平合理。如果约定过于苛刻，可能被视为无效或可撤销。
   • 案例参考：在实际操作中，法院或仲裁机构在审理此类案件时，也会考虑双方的实际损失、员工的过错程度等因素，以判断员工是否需要退还工资和奖金，以及退还的具体金额。

4. 实际操作建议：

   • 对于员工：在签订劳动合同或在职攻读博士相关协议时，应仔细阅读并理解其中的服务期条款和违约责任条款，确保自己能够履行相关义务。如果确实需要辞职，应提前与公司协商，尽量达成一致意见，避免不必要的法律纠纷。
   • 对于公司：在制定劳动合同或相关协议时，应明确服务期的具体条款和违约责任，包括是否需要退还工资和奖金等。同时，也应考虑员工的实际情况和合理需求，确保条款的公平性和合理性。

进一步思考：如果员工和公司之间就退还工资和奖金的问题产生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在处理此类争议时，建议双方都寻求专业法律人士的帮助，以确保自己的权益得到妥善维护。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。