结论：派出所处理案件违规时所立的协议是否具有法律效力，需根据具体情况判断，包括协议内容是否合法、双方意思表示是否真实、是否违反法律强制性规定或公序良俗等因素。
详细分析：
协议内容合法性：
- 协议内容必须符合法律法规的规定，不得包含违法条款。如果协议内容本身违法，比如涉及非法交易、逃避法律责任等，那么该协议自始无效。
- 例如，如果派出所违规处理案件，并在协议中要求当事人放弃某些合法权益以换取某种不正当利益，这样的协议就是违法的，无效的。
双方意思表示真实性：
- 协议双方必须是在自愿、平等、公平的基础上达成协议，且意思表示真实。如果一方是在被胁迫、欺诈或重大误解的情况下签订协议，那么该协议可能因意思表示不真实而被撤销或认定无效。
- 在派出所违规处理案件的情境下，如果当事人是在受到不当压力或误导的情况下签订协议，那么该协议的有效性就可能受到质疑。
是否违反法律强制性规定或公序良俗：
- 协议不得违反法律的强制性规定或公序良俗。如果协议内容违反了这些原则，那么该协议也是无效的。
- 例如，如果协议试图掩盖派出所的违规行为，或者损害了社会公共利益，那么这样的协议就是无效的。
派出所违规处理案件的影响：
- 派出所违规处理案件本身并不直接导致所立协议无效，但违规行为可能影响协议签订的背景和条件，进而影响协议的有效性。
- 如果派出所的违规行为导致了协议签订时的不公平、不自愿或信息不对称等情况，那么当事人可以依法主张协议无效或可撤销。
法律建议：
- 如果您认为派出所处理案件违规，并且所立的协议存在问题，建议您首先收集相关证据，包括协议文本、派出所的处理决定、相关证人证言等。
- 然后，您可以咨询专业律师（即我，曾惠媛律师，专注于行政纠纷、侵权纠纷领域），对协议的有效性进行评估，并根据评估结果采取相应的法律措施。
- 如果协议确实存在问题，您可以通过法律途径主张协议无效或可撤销，并寻求相应的法律救济。
可能后果：
- 如果协议被认定无效或可撤销，那么协议中的相关条款将不再具有法律效力，双方需要恢复到协议签订前的状态。
- 如果因协议无效或可撤销给一方造成了损失，那么受损方可以依法要求对方承担赔偿责任。
总之，派出所处理案件违规时所立的协议是否具有法律效力，需根据具体情况判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。