发现车辆被套牌扣分后，应立即采取以下措施处理，核心步骤如下：

1. 收集证据并报警
   首先需固定车辆被套牌的证据，包括但不限于：

   • 车辆行驶记录（如行车记录仪、ETC通行记录、加油站监控等），证明套牌发生时你的车辆实际位置与违章地点不符；
     
   • 车辆外观照片（如车身颜色、轮毂样式、贴纸等细节），与套牌车违章照片中的车辆特征进行对比，证明非同一辆车；
     
   • 保留所有与套牌相关的通知、短信或邮件（如交警部门发送的违章提醒）。
     携带证据到车辆登记地或违章发生地的交警部门报案，填写《被套用机动车登记号牌报案证明》。警方立案后，会出具《套牌案件受理回执》，这是后续处理的关键凭证。

2. 申请撤销违章记录
   凭《套牌案件受理回执》及证据，向交警部门提出书面申请，要求撤销被套牌产生的违章记录。根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》第二十五条，经核实确属套牌的，交警部门应在15日内撤销原违章记录，并恢复你的驾驶证分数。若因套牌导致驾驶证被暂扣或罚款，可同步申请解除处罚。

3. 配合调查并追踪套牌车
   警方立案后，会通过交通监控、卡口数据等追踪套牌车轨迹。你需配合提供线索（如套牌车常见活动区域、时间等）。若套牌车被查获，警方会依法对套牌者处罚（如扣12分、罚款2000-5000元、拘留15日以下），并追缴其违法所得。

4. 防范后续风险

   • 更换车牌：若套牌车长期未查获，可向车管所申请更换车牌（需提供报案证明），从源头杜绝被套牌可能；
     
   • 定期查询违章：通过“交管12123”APP或交警官网每月查询车辆违章记录，及时发现异常；
     
   • 保留报案记录：将报警回执、撤销违章证明等文件妥善保存，避免未来因套牌问题产生纠纷。

特别提醒：若套牌行为导致你承担了不应有的法律责任（如交通事故赔偿），可凭警方调查结果向法院起诉套牌者，要求其赔偿损失（包括误工费、交通费、精神损害抚慰金等）。处理过程中如有疑问，可直接向我咨询具体流程。