建设用地指标流转本身并不违法，但必须严格遵守相关法律法规和政策规定，确保流转的合法性、有效性和公平性。以下是对这一问题的详细分析：

一、建设用地指标流转的法律依据与政策框架

1. 《中华人民共和国土地管理法》：该法奠定了建设用地指标流转的法律基础，规定了土地利用总体规划和土地用途管制，为建设用地指标的流转提供了法律保障。
2. 《城乡建设用地增减挂钩试点管理办法》：该办法规范了城乡建设用地增减挂钩试点工作，促进了土地资源的优化配置，为建设用地指标的流转提供了具体的操作指南。

二、建设用地指标流转的意义

1. 优化土地资源配置：通过流转，可以将建设用地指标从利用效率低的地区转移到需求旺盛的地区，提高土地的整体利用效率。
2. 促进区域协调发展：流转打破了区域限制，实现了优势互补，有助于经济发达地区和落后地区的共同发展。
3. 保障耕地保护目标：在不突破耕地保护红线的前提下，流转为经济社会发展提供了必要的建设用地，同时确保了耕地的总量动态平衡。

三、建设用地指标流转的主要方式

1. 城乡建设用地增减挂钩：通过建新拆旧和土地整理复垦，实现增加耕地有效面积、提高耕地质量、节约集约利用建设用地的目标。例如，某县乡镇废弃宅基地复垦为耕地，同时在县城获得相应面积的建设用地指标。
2. 耕地占补平衡指标流转：按照“占多少，垦多少”的原则，实现耕地总量的动态平衡。例如，A市因城市建设占用耕地，向B市购买耕地占补平衡指标，B市负责开垦相应耕地。
3. 节余指标流转：地方政府在完成上级下达的建设用地指标控制任务后，形成的节余指标可在一定范围内流转。例如，某工业园区通过节约集约用地产生节余指标，流转给其他有需求的园区或项目使用。

四、建设用地指标流转的合法性条件

1. 遵守法律法规：流转行为必须严格遵守《中华人民共和国土地管理法》、《城乡建设用地增减挂钩试点管理办法》等相关法律法规和政策规定。
2. 保护农民权益：在流转过程中，必须尊重农民意愿，确保农民利益不受损害。例如，在城乡建设用地增减挂钩中，应确保农民得到合理的补偿和安置。
3. 合理规划利用：受让方应合理规划利用土地资源，提高利用效率，避免浪费和闲置。
4. 健全价格机制：流转价格应科学合理，反映土地资源的真实价值，避免低价流转或恶意炒作。
5. 加强监管：土地管理部门应加大对流转过程的监管力度，防止违规操作，确保流转的合法性和有效性。

五、违法流转的法律后果

如果建设用地指标流转行为违反了相关法律法规和政策规定，可能会面临以下法律后果：

1. 行政处罚：土地管理部门有权对违法流转行为进行行政处罚，包括罚款、没收违法所得、责令限期改正等。
2. 民事责任：违法流转行为可能损害他人合法权益，流转方需承担相应的民事责任，如赔偿损失等。
3. 刑事责任：在严重情况下，违法流转行为可能构成犯罪，如非法转让、倒卖土地使用权罪等，流转方需承担刑事责任。

六、建议与注意事项

1. 了解政策规定：在进行建设用地指标流转前，应充分了解相关法律法规和政策规定，确保流转行为的合法性。
2. 咨询专业人士：如有需要，可咨询专业律师或土地管理部门工作人员，获取更详细的法律意见和操作指南。
3. 签订书面合同：流转双方应签订书面合同，明确流转方式、价格、期限等关键条款，以保障双方权益。
4. 及时办理变更登记：流转完成后，应及时向土地管理部门申请变更登记，确保物权变动的法律效力。

总结来说，建设用地指标流转是优化土地资源配置、促进区域经济协调发展的重要手段。但必须严格遵守相关法律法规和政策规定，确保流转的合法性、有效性和公平性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。