结论概述：商业秘密被他人通过合法途径获取后申请专利，您是否还能继续使用该商业秘密，需根据具体情况来判断。以下从不同角度为您详细分析。

1. 商业秘密的合法使用基础：

   • 商业秘密本身并不因其被他人申请专利而失去其作为商业秘密的价值。商业秘密的核心在于其秘密性、价值性和保密性。只要您能够证明您对该商业秘密的拥有是合法的，且在使用过程中没有违反保密义务或侵犯他人的合法权益，您通常有权继续使用该商业秘密。

2. 专利申请的合法性与影响：

   • 如果他人通过合法途径（如独立研发、反向工程等）获取了您的商业秘密，并据此申请了专利，那么该专利的申请和获得在法律上是有效的。但这并不意味着您就不能再使用该商业秘密了。关键在于，您使用该商业秘密的行为是否会构成对他人专利权的侵犯。
   • 不构成侵权的情况：如果您在使用商业秘密时，并未实施该专利所保护的技术方案，或者您的使用行为属于专利法规定的例外情况（如科研使用、个人使用等，但需注意这些例外通常有严格的限制条件），则您的使用行为可能不构成侵权。
   • 可能构成侵权的情况：如果您在使用商业秘密时，实施了该专利所保护的技术方案，且没有获得专利权人的许可，那么您的使用行为可能构成对他人专利权的侵犯。

3. 应对策略与建议：

   • 评估使用风险：在继续使用商业秘密前，建议您对使用行为进行全面的法律风险评估，以确定是否存在侵犯他人专利权的风险。
   • 寻求法律意见：如果您对使用行为的合法性存在疑问，或者担心可能面临法律纠纷，建议您及时咨询专业律师，以获取具体的法律意见和指导。
   • 考虑专利无效或异议：如果您认为他人申请的专利存在瑕疵或不符合专利法的规定，您可以考虑向专利复审委员会提出专利无效宣告请求，或者在专利公告期内提出异议，以维护自己的合法权益。

4. 实际案例参考：

   • 在实际案例中，法院通常会综合考虑多种因素来判断使用行为是否构成侵权，包括但不限于商业秘密的来源、使用行为的具体方式、是否对专利权人造成了损害等。因此，每个案件的具体情况都会有所不同，需要具体分析。

总结与进一步思考：商业秘密被他人通过合法途径获取后申请专利，并不意味着您就不能再使用该商业秘密了。关键在于您使用行为的具体情况和是否构成对他人专利权的侵犯。因此，建议您在继续使用前进行全面的法律风险评估，并考虑寻求专业律师的法律意见。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。