结论概述：针对您提出的“商业秘密保护了很多年，后来有人申请了专利，我的商业秘密使用是否侵权”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据具体情况进行详细分析。以下我将从多个角度为您剖析这一问题。

1. 专利申请与商业秘密的关系：

   • 专利申请通常意味着该技术或设计已被公开，并寻求法律保护。而商业秘密则依赖于保密性来维持其价值。一旦商业秘密被公开（例如，通过他人的专利申请被揭示），其作为商业秘密的保护可能就不复存在。
   • 如果有人基于您的商业秘密申请了专利，并且该专利被授予，那么该专利权人将享有对该技术或设计的独占权。但这并不意味着您之前的使用行为自动构成侵权，因为您在专利申请前已经在使用该商业秘密。

2. 侵权判断的关键因素：

   • 时间节点：关键在于您使用商业秘密的时间与专利申请及授权的时间关系。如果您在专利申请前已经在使用，并且这种使用是善意的（即您不知道也不应知道该技术或设计会被他人申请专利），那么您的使用行为可能不构成侵权。
   • 使用范围：即使您在专利申请前已经在使用商业秘密，但如果您的使用范围超出了原有的合理界限（例如，从个人使用扩大到商业生产），或者您在专利授权后继续扩大使用范围，那么可能构成侵权。
   • 专利的有效性：如果申请的专利存在无效情形（如缺乏新颖性、创造性或实用性），那么该专利可能被宣告无效，从而您使用商业秘密的行为也就不构成侵权。

3. 法律建议：

   • 评估专利有效性：首先，建议您评估该专利的有效性。如果认为该专利存在无效情形，可以考虑通过法律途径申请宣告其无效。
   • 审查使用行为：其次，审查您自己的使用行为，确保其在专利申请前已经存在，并且使用范围合理。如果需要在专利授权后继续使用，应考虑与专利权人协商许可使用事宜。
   • 加强保密措施：无论结果如何，都应加强商业秘密的保密措施，防止类似情况再次发生。

4. 可能的法律后果：

   • 如果您的使用行为被认定为侵权，可能需要承担停止侵权、赔偿损失等法律责任。
   • 如果您能够证明自己的使用行为是善意的，并且在专利申请前已经存在，那么可能免除或减轻侵权责任。

进一步思考：在处理此类问题时，还需要考虑专利的地域性、专利的具体内容以及您使用商业秘密的具体方式等因素。因此，如果您面临此类情况，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。