结论：在诉征迁补偿协议已经立案的情况下，同时诉行政补偿是否可以立案，需根据具体情况判断，但通常可以分别立案，关键在于两诉是否涉及不同法律关系或诉讼请求。以下从不同角度详细分析：

一、法律关系与诉讼请求的独立性是判断能否分别立案的核心

1. 若两诉基于不同法律关系或事实
   例如：

   • 诉征迁补偿协议：针对的是您与征收方签订的民事补偿协议的履行、效力或违约问题（如协议金额争议、未按时支付等）；
     
   • 诉行政补偿：针对的是征收方未依法履行行政补偿职责（如未作出补偿决定、补偿标准违法等）。
     此时，两诉涉及民事合同关系与行政法律关系，诉讼请求独立，法院通常会分别立案。

2. 若两诉基于同一事实但诉求不同
   例如：

   • 诉征迁补偿协议：要求确认协议无效并重新协商补偿；
     
   • 诉行政补偿：要求征收方直接履行法定补偿义务（如按评估价补偿）。
     若两诉不构成重复起诉（如诉讼请求不冲突），法院也可能分别立案，但可能合并审理以提高效率。

二、实务中需注意的特殊情形

1. 重复起诉的排除
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，若两诉的当事人、诉讼标的、诉讼请求相同，或后诉的诉讼请求实质上否定前诉裁判结果，则可能构成重复起诉，法院会不予立案或驳回起诉。
   示例：若您已起诉要求征收方履行补偿协议，又起诉要求撤销同一协议并重新补偿，可能被认定为重复起诉。

2. 行政与民事交叉案件的处理
   若征迁补偿协议的效力依赖于行政行为的合法性（如征收决定是否合法），法院可能要求先行政后民事，即先解决行政补偿争议，再处理协议纠纷。但此情形不绝对，需结合具体案情判断。

三、给您的建议

1. 明确两诉的核心诉求
   梳理两诉的法律关系（民事/行政）、事实依据及诉讼请求，确保不重复、不冲突。若不确定，可携带相关材料（如协议、征收决定、沟通记录等）向我详细咨询。

2. 同步准备立案材料
   若决定分别立案，需准备两套完整的起诉材料（包括证据清单、法律依据等），并注意两诉的管辖法院可能不同（民事协议纠纷通常由被告住所地或合同履行地法院管辖；行政补偿纠纷由征收行为发生地法院管辖）。

3. 关注法院的释明与引导
   立案时，法院可能根据案情要求您选择更合适的诉讼路径（如合并审理或先行政后民事），此时需结合法院意见调整策略。

总结：诉征迁补偿协议与诉行政补偿能否同时立案，需以法律关系与诉讼请求的独立性为核心判断。若两诉不重复、不冲突，通常可分别立案；若存在重复或交叉，则需调整策略。如有具体案情或材料，欢迎随时向我咨询，我会为您进一步分析。